然而理想豐滿，現實骨感。軍屯推行，阻力重重。
平安穀地處北疆後方，氣候高寒，土地貧瘠，且常受山區多變天氣影響，播種不久便遭遇一場罕見的早霜，幼苗凍死大半，屯田士卒士氣受挫，怨言漸起。
龍川壩邊境，雖地勢平坦，然土壤多砂石，開墾艱難。更棘手的是當地一個名為“邛都夷”的部落，對漢軍在此大規模屯墾心存疑慮，擔心侵占其傳統牧地，屢生摩擦，甚至有小規模衝突，屯田進展緩慢。
濱澤地雖得水利之便，然新墾沼澤地，排水不暢，蚊蟲滋生，疫病在屯田軍中流傳，非戰鬥減員嚴重。
朝中保守勢力如譙周等人，聞知困難，再次上書，言“軍屯擾民，天時不順，耗費巨大，宜當暫緩”。
麵對挫折，諸葛瞻展現出卓越的統籌與應變能力。他並未強行壓服，而是親赴一線巡查督導，針對不同問題，采取精準對策：
對於平安穀霜凍，他急令屯田司引進耐寒作物品種（如青稞），並指導軍士搭建簡易暖棚育苗，避開霜期，同時加強倉儲建設，以防天災。
對於龍川壩夷患，他請動在夷人中素有威望的牂柯郡守，親自與邛都夷酋長會盟，劃定清晰界限，承諾屯田軍保護其安全，並開放互市，以鹽帛、鐵器交換其牛羊，成功化乾戈為玉帛，夷人甚至主動提供耕牛租賃。
對於濱澤地疫病，他立即派遣太醫署醫官攜藥前往防治，並指導軍士開挖排水溝，焚燒艾草驅蚊，改善衛生條件。
同時他奏請劉諶，對初期屯田成效不佳不予責罰，反予鼓勵，並提高屯田士卒的口糧標準，有功者重賞，穩定軍心。
至章武九年冬，曆經艱難，三處軍屯試點終於步入正軌。平安穀的耐寒作物頑強生長；龍川壩的砂石地被開墾成片，與夷人關係轉暖；濱澤地的稻田在冬日暖陽下泛著綠意。雖然收獲尚未可知，但希望的種子已然播下。
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