經過近兩個月的艱苦行軍和短暫休整，萬曆三十二年正月，沈驚鴻率領的三千神機營精銳抵達福建泉州。與早已在此集結的福建水師艦隊彙合。
此時的沈驚鴻，經過一路風塵和軍旅磨練，皮膚黝黑了些許，眉宇間的稚氣進一步褪去，取而代之的是一種屬於統帥的冷峻與果決。他並沒有在泉州過多停留，在補充了淡水和部分新鮮蔬果後，便下令艦隊揚帆起航，目標直指呂宋馬尼拉！
航行途中，沈驚鴻絲毫沒有放鬆。他利用這段時間，進一步磨合麾下陸軍與水師的配合，組織士兵在顛簸的甲板上進行適應性射擊訓練，尤其是秘密裝備了“驚鴻一式”步槍的特選射手，更是進行了高強度的實彈演練。他對各級軍官反複強調戰術紀律和火力協同，確保這支首次跨海作戰的新式軍隊，能最大程度發揮其裝備優勢。
二月初，大明特遣艦隊終於抵達呂宋外海。蔚藍的海麵上，帆檣如林，旌旗招展，龐大的艦隊陣容，立刻引起了沿岸土人和西班牙哨戒船的注意，恐慌如同瘟疫般迅速蔓延向馬尼拉。
沈驚鴻並沒有急於發動進攻。他首先派出了精通西班牙語的隨行翻譯（由徐光啟推薦的一位皈依天主教的士人擔任）以及幾名膽大心細的軍官，乘坐小船前往馬尼拉港，向西班牙呂宋總督迭戈·德·阿爾塞羅遞交了大明皇帝的國書與太子朱常洛的諭令。
國書措辭極其強硬，嚴正譴責西班牙殖民當局的屠殺暴行，並提出最後通牒：
一、立即交出策劃和執行屠殺的主要元凶。
二、賠償大明遇難僑民及朝廷軍費，總計白銀五千萬兩（相當於大明全國五年的田賦收入總和）。
三、在馬尼拉立碑，以中文及西班牙文銘刻屠殺罪行及謝罪條款。
四、保證今後在呂宋所有華人的生命財產安全及貿易自由。
限令十日之內答複，若逾期不覆或拒絕條款，天朝大軍將自行討取公道！
這份天文數字的賠款要求和強硬姿態，讓西班牙總督阿爾塞羅又驚又怒。他自恃馬尼拉城堡防禦堅固，麾下有近兩千名裝備火繩槍和火炮的西班牙士兵以及數千名土著仆從軍，根本不把這支遠道而來的“中國艦隊”放在眼裡。他傲慢地拒絕了大明的大部分要求，隻同意象征性地賠償少量白銀，並聲稱屠殺是“針對叛亂者的必要措施”。
收到西班牙人拒絕的回複，沈驚鴻毫不意外。他冷靜地下達了作戰命令。
次日清晨，馬尼拉灣晴空萬裡。大明艦隊排成戰鬥隊形，緩緩逼近馬尼拉城堡。西班牙守軍緊張地注視著海麵，火炮已經填裝，火繩槍兵在城垛後嚴陣以待。
然而，大明艦隊並沒有像西班牙人預想的那樣，進入城堡火炮的有效射程進行傳統的對轟。在距離城堡尚有數裡之遙，遠遠超出西班牙老式火炮射程的地方，艦隊停了下來。
緊接著，讓所有西班牙守軍永生難忘的一幕發生了。數十艘明軍小型戰船，護衛著幾艘大型福船，在海上列開陣勢。隨著一聲令下，福船側舷炮窗打開，露出了並非巨型重炮，而是一排排黑黝黝的、更為修長的炮管——那是經過改進、射程更遠的大明艦炮。
“轟！轟！轟！”
震耳欲聾的炮聲響起，但炮彈並非砸向堅固的城牆，而是劃過優美的拋物線，精準地落在了馬尼拉城堡外圍的碼頭區、倉庫區以及西班牙人的兵營附近！爆炸聲接連不斷，木製建築被摧毀，燃起熊熊大火，濃煙滾滾而起！
這遠超預料的射程和精度，讓西班牙人目瞪口呆！他們的火炮，根本夠不著明軍的艦隊！
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炮火準備之後，更令人膽寒的一幕上演了。數百名神機營士兵，乘坐舢板，在艦炮的掩護下，迅速靠近至距離海岸約一裡處，然後跳下船，在齊腰深的海水中，排成嚴整的戰鬥隊形，穩步向灘頭推進！
“他們瘋了嗎？在海水裡列陣？”西班牙軍官難以置信。
然而，當明軍士兵在灘頭站穩腳跟，舉起手中那迥異於火繩槍的武器時，西班牙人的噩夢才剛剛開始。
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