科舉新策推行已近五年，格物大學堂的畢業生們如同細密的根須，在帝國的實務土壤中越紮越深。他們的影響，開始超越技術改良與行政效率，觸及一個更為核心且敏感的領域——刑名律法。
江南蘇杭府，發生一樁離奇命案。一富商暴斃於書房，現場門窗緊閉，無明顯外傷。府衙仵作驗屍，依傳統經驗，斷為“急症突發，暴斃而亡”。富商家人不服，認為死因蹊蹺，案件一時陷入僵局。
恰逢格物大學堂刑名檢驗科首屆畢業生王睿，被派至該府刑房見習。他查閱卷宗後，注意到死者口唇指甲顏色有異，並非典型急症特征。征得上司同意後，他運用所學，對死者胃內容物進行了簡易的毒物篩查（使用格物大學堂化學部提供的幾種基礎試劑）。
結果令人震驚：檢測出微量的烏頭堿成分。此毒發作快，症狀與急症相似，若非特意檢驗，極易誤判。
王睿據此提出重新勘驗，並依據毒物性質，推斷出投毒的大致時間和可能途徑，為案件指明了新的偵查方向。府衙老刑名們對此將信將疑，但證據當前，不得不重視。此案若能偵破，將首次在司法實踐中，確立“毒物檢驗”作為關鍵證據的地位。
與此同時，京城刑部，一樁涉及巨額田產糾紛的舊案被重新提起。關鍵證據之一，是一份年代久遠的遺囑筆跡。雙方各執一詞，均稱自己手持的才是真跡。傳統的筆跡鑒定，多依賴經驗豐富的書吏“眼學”判斷，主觀性強，難以服眾。
畢業生中擅長測繪與圖形分析的劉芸（亦是少數女性畢業生之一），被臨時借調至刑部。她沒有急於下結論，而是將兩份遺囑置於特製的放大網格板下，逐字測量筆畫間距、傾斜角度、起筆收筆的力度痕跡，甚至運用光影對比，觀察紙張纖維與墨跡滲透的細微差異。
她出具了一份長達十餘頁的《筆跡對比分析報告》，附有詳細的測量數據和對比圖譜，明確指出其中一份在多個關鍵筆畫的“書寫習慣一致性”上存在破綻。這份充滿數字與圖形的報告，在刑部引起了不小的震動。雖然最終裁決仍需主官定奪，但這份基於“計量筆跡學”的分析，為法官提供了前所未有的、相對客觀的參考依據。
這些發生在高層司法機構的新鮮事，也悄然影響著地方的審案風氣。
某縣審理一樁盜竊案，嫌疑人拒不認罪。縣令正欲動用刑訊，新任縣丞（一位格物大學堂律法科畢業生）謹慎進言：“堂尊，可否先令其演示如何翻越丈高圍牆？再比對其鞋底與牆頭泥土是否一致？或可尋得物證。”
縣令雖覺繁瑣，但還是依言試行。結果發現嫌疑人根本無法徒手翻越，且其鞋底泥土與牆頭差異明顯。進一步搜查其家，起獲了部分贓物。案件由此告破，避免了可能的冤屈。
此事雖小，卻在當地傳開。一些地方官員開始意識到，除了口供，還有“物證”、“勘驗”這些同樣重要的斷案手段。
然而，新方法引入司法，絕非一帆風順。
都察院有禦史聞聽江南毒殺案依賴“格物之法”斷案，立即上奏，痛心疾首：“刑名之事，關乎人命，豈可委於器測之術？若此風一開，恐胥吏倚仗奇技，操弄獄訟，視《大明律》如無物！長此以往，國法威嚴何在？”
支持者則反駁：“若器測之術能明辨真偽，洗刷冤屈，使真凶伏法，無辜者獲釋，豈非正合聖上仁德恤刑之心？《大明律》亦需與時俱進，輔以新知，方能更顯公正！”
爭議的焦點，已從單純的“器用”，上升至“律法精神”、“司法公正”與“傳統禮法”關係的層麵。
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林凡深知司法改革的敏感性。他並未急於求成，而是采取了一種更為審慎的策略。
他奏請皇帝，允許在刑部及幾個試點省份，設立“刑名檢驗所”，由格物大學堂畢業生與經驗豐富的仵作、刑名書吏共同組成，專門負責疑難案件的勘驗與證據鑒定工作，其結論僅作為審案參考，最終裁決權仍在主審官員手中。
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