江南蘇杭府的富商毒殺案，因格物大學堂畢業生王睿的毒物檢驗而峰回路轉，真凶——一名能接觸到藥材的貼身仆役最終認罪伏法。此案雖已了結，但其引發的波瀾，卻剛剛開始向帝國的司法體係深處擴散。
案件卷宗連同王睿的檢驗記錄被呈送刑部，立刻引起了軒然大波。
都察院幾位以衛道自居的禦史，聯名上奏，措辭激烈：“蘇杭府案，倚仗器測之術定讞，開千古未有之惡例！夫刑名者，皋陶相傳，春秋決獄，重在明刑弼教，觀其心跡。今若以瓶罐反應斷人生死，置《大明律》之‘五聽’（辭聽、色聽、氣聽、耳聽、目聽）於何地？長此以往，胥吏持奇技以弄權，酷吏借器測以羅織，國法蕩然，人心危懼！”
奏章如同投入平靜湖麵的巨石，在朝堂上激起了巨大的爭論。支持者則認為，器測之術能“格物致知”，探求真相，使真凶難逃，無辜者得雪，正是“明刑”的體現。
一直靜觀其變的高拱，此次也未保持沉默。他在內閣議政時，持重地言道：“蘇杭之案，結果雖善，然過程可慮。刑獄關乎人命，豈能儘付於未經驗證之新法？若推而廣之，天下刑名皆效仿此道，恐失之毫厘，謬以千裡。老夫以為，當慎之又慎。”
壓力，再次彙聚到林凡身上。
麵對洶洶物議，林凡沒有強行辯駁，而是再次祭出了他屢試不爽的策略——試點。
他向皇帝上了一道長長的奏疏，並未直接為“器測”張目，而是從“恤刑慎罰”、“澤及無辜”的仁政角度切入：
“陛下，臣聞古之聖王治獄，求其生而不得，則死者與我皆無恨也。然人之智慧有限，冤假錯案，古今難免。今有格物之法，或可於紛繁線索之外，另辟蹊徑，佐證案情，以補人力之窮。若因其新而一概斥之，恐失明明德、恤民命之本心。”
他懇請皇帝，恩準在刑部之下，設立一個級別不高、但權責清晰的“刑名格物檢驗所”，並選擇南北各一省進行試點。檢驗所僅負責接受委托，對物證進行檢驗分析，出具“格物檢驗文書”，其結論僅作為審案參考，不具備直接定罪的效力，最終裁決仍牢牢掌握在主審官手中。
同時，他建議由刑部、都察院、大理寺三法司與格物大學堂共同擬定《刑名格物檢驗暫行章程》，對檢驗項目、方法、文書格式進行嚴格規範。
這是一個極其謹慎而務實的方案，既回應了保守派的擔憂（不剝奪法官權力），又為新方法打開了一道門縫。皇帝權衡再三，最終朱批：“依議。著該部堂詳議章程，務求穩妥，試行以觀後效。”
“刑名格物檢驗所”在京城一個不起眼的偏院內掛牌成立。王睿因蘇杭府案的表現，被調任為首批檢驗員之一。然而，成立之初，門庭冷落。
各地刑名官員大多持觀望態度，不願輕易將案件的關鍵證據送來檢驗，生怕惹上“標新立異”、“依賴奇技”的非議。偶爾送來的，也多是一些無關緊要、或早已定論的陳年舊案，意在試探。
檢驗所內，王睿和他的同僚們並不氣餒。他們利用這段空閒時間，反複演練各種檢驗流程，完善文書檔案，甚至主動向刑部的老仵作、老書吏請教傳統驗傷、辨跡的方法，試圖找到新舊之間的結合點。
“我們不能等著案子送上門，”王睿對同伴們說，“我們要讓所有人看到，我們的‘器測’，是為了讓‘五聽’更準，讓律法更公！”
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這段時間，林凡回府更晚，眉宇間常帶著思慮。顧蓮舟細心察覺，並未多問，隻是將書房整理得更加舒適，宵夜準備得更加精心。
一日，林凡在書房看到長子林懷瑾（安兒）正在閱讀一份關於司法檢驗的爭論文章，便隨口問了他的看法。
林懷瑾放下文章，認真答道：“父親，孩兒以為，律法之目的，在於止爭定分，懲惡揚善。若格物之法能更接近真相，便與律法精神無異。然其推行之難，在於人心非是算學公式，無法全然用數字衡量。如何取信於人，或比技術本身更為關鍵。”
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