扁鵲在治療病人時所用的針石、藥熨，最早見於戰國時代問世的《黃帝內經》一書的針灸之術。《黃帝內經》說：“藏寒生滿病，其治宜灸”，便是指針灸術，其中詳細描述了九針的形製，大量記述了針灸的理論與技術。兩千多年前就有比較成熟的針灸療法記載，這種療法的出現自然是在更早的時代。
可以想象，在遠古時期，人們偶然被一些尖硬物體如石頭、荊棘等碰撞刺破身體表麵的某個部位後，出現意想不到的疼痛減輕等現象，於是古人便開始有意識地用一些尖利的石塊刺激身體的某些部位或人為地刺破身體的某個部位使之出血，以減輕疼痛。慢慢地，人們掌握了挖製、磨製技術，能夠製作出一些比較精致的、適合於刺入身體以治療疾病的石器，這種石器就是最古老的醫療工具砭石。人們用“砭石”刺入身體的某個部位治療疾病。
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砭石在當時常用於外科化膿性感染的切開排膿，所以又被稱為針石或石。《山海經》說：“有石如玉，可以為針”，是關於石針的早期記載，在考古中也曾發現砭石實物。可以說，砭石是後世刀針工具的基礎和前身。
灸法則產生於火的發現和使用之後。在火的使用過程中，人們發現身體某個部位的病痛經火燒灼、烘烤能夠得以緩解甚至解除，繼而學會了用獸皮或樹皮包裹燒熱的石塊、砂土進行局部熱熨，逐步發展到以點燃樹枝或乾草烘烤來治療疾病。經過長期摸索，人們選擇易燃而具溫通經脈作用的艾葉作為灸治的主要材料，於體表局部進行溫熱刺激，從而使灸法和針刺一樣，成為防病治病的重要方法。由於艾葉具有易於燃燒、氣味芳香、資源豐富、易於加工貯藏等特點，因而成為後來最主要的灸治原料。“砭而刺之”也逐漸發展成為針法，“熱而熨之”逐漸發展成為灸法，這就是針灸療法的前身。
傳說針灸起源於三皇五帝時期，相傳伏羲發明了針灸，他“嘗百藥而製九針”（東漢醫學家皇甫謐《帝王世紀》)。古代文獻《山海經》和《內經》，有用“石篯”刺破癰腫的記載，根據我國各地挖掘出土的曆史文物考證，“針灸療法”起源於石器時代。當時的人們發生某些病痛或不適的時候，不自覺地用手按摩、捶拍，以至於用尖銳的石器按壓疼痛不適的部位，使原有的症狀減輕或消失，最早的針具“砭石”隨之而生。隨著古人智慧和社會生產力的不斷發展，針具逐漸發展成青銅針、鐵針、金針、銀針，直到如今用的不鏽鋼針。
《黃帝內經》是現存中醫文獻中最早而且最完整的中醫經典著作，書中已經形成了完整的經絡係統，即十二經脈、十五絡脈、十二經筋、十二經別以及與經脈係統相關的標本、根結、氣結、四海等，並對腧穴、針灸方法、針刺適應症和禁忌症等做了詳細的論述，尤其是《靈樞經》所記載的針灸理論更是豐富而係統，《靈樞》可以說是針灸學術的第一次總結，其主要內容至今仍然是針灸科的核心內容，故《靈樞》也被稱為《針經》。繼《內經》之後，扁鵲所著《難經》，對針灸學說也進行了補充和完善。
晉代醫學家皇甫謐潛心鑽研《內經》等著作，撰寫成《針灸甲乙經》，全麵論述了臟腑經絡學說，發展並確定了349個穴位，並對其位置、主治、操作進行了詳細論述，同時介紹了針灸方法及常見病的治療，可以說是針灸學術的第二次總結。
唐宋時期，隨著社會經濟文化的繁榮發展，針灸學術也有很大發展，唐代醫學家孫思邈在其著作《備急千金要方》中繪製了彩色的“明堂三人圖”，提出阿是穴的取法及應用。到了宋代，著名針灸學家王惟一編撰了《銅人腧穴針灸圖經》，考證了354個腧穴，並將全書刻於石碑上供學習者參抄拓印。他還鑄造了2具銅人模型，外刻經絡腧穴，內置臟腑，作為針灸教學的直觀教具和考核針灸醫生之用，促進了針灸學術的發展。
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