馬尾海戰的勝利，不僅摧毀了福建水師，更摧毀了清軍殘存的抵抗意誌。
林陽獲悉戰報後審時度勢，他立即命令：
“傳令蕭朝貴，乘勝追擊，絕不給王懿德片刻喘息之機！”
蕭朝貴得令後毫不遲疑浩浩蕩蕩駛入閩江口，數十艘戰艦列陣如鐵索橫江，黑洞洞的炮口森然指向福州方向，那恐怖的威壓讓沿岸清軍望風膽寒。
與此同時，剛剛完成整編、士氣如虹的太平軍閩南軍團在林俊、陳屺、黃位三位悍將率領下，以馬尾為跳板，分作三路鐵流，向福州及周邊州縣發起了排山倒海般的反攻。此時的清軍，早已軍心潰散。
海戰慘敗的陰影籠罩著每一個綠營兵丁，“太平軍不可戰勝”的傳言更讓他們未戰先怯。各州縣官員見大勢已去，或卷起印信、封存庫銀倉皇逃命，或乾脆大開城門，簞食壺漿以迎王師。太平軍與義軍聯軍所向披靡，兵鋒所指，幾無抵抗。
兵臨福州城下，王懿德試圖憑借堅城做最後一搏。然而，蕭朝貴親率“伏波”、“揚武”兩艘巨艦，悍然抵近江岸。重炮發出震天怒吼，幾次精準的警告性射擊，便在巍峨的城牆上撕開數道猙獰的缺口，磚石飛濺，煙塵衝天。這毀滅性的力量成了壓垮守軍的最後一根稻草。
未等太平軍發起總攻，城內守軍便自發嘩變，部分低階軍官和士兵倒戈相向，主動打開了城門。福州，這座八閩首府，竟如此兵不血刃地易主。閩浙總督王懿德在絕望中，於總督府後堂吞金自儘，了結了他效忠清廷的一生。
拿下福州，太平軍馬不停蹄，以雷霆萬鈞之勢掃蕩周邊。泉州、漳州、廈門等重鎮傳檄而定，各地殘餘清軍及地主武裝或一觸即潰，或望風歸降。至鹹豐七年底，太平天國的杏黃旗已高高飄揚在福建全境每一座府縣城池的上空，清廷在福建的統治機器被徹底砸得粉碎。
緊接著，在蕭朝貴、林俊等人的強力主導下，太平天國在福建雷厲風行地推行了一係列深得民心的新政：一舉廢除清廷所有苛捐雜稅，大力推行《天朝田畝製度》，將無主荒地和新抄沒的官紳土地悉數分給無地少地的窮苦農民；設立官營百貨，平抑物價，保障民生；廣開新式學堂，既傳播天國理念，也傳授基礎文化知識；全力整頓治安，清剿積年土匪海盜，迅速恢複地方秩序。
這些措施如春風化雨，迅速贏得了底層百姓的由衷擁戴，八閩大地煥發出前所未有的生機。許多原本持觀望態度的士紳商賈，在親眼見證了太平軍的強大實力和新政的顯著成效後，也紛紛轉變態度，開始積極與這個充滿活力的新生政權合作。一個嶄新的時代，正伴隨著馬尾港的潮汐，在這片土地上澎湃開啟。
福建全境的光複，並未讓蕭朝貴停下腳步。在林陽授意下，他的目光，早已投向了與福建一水之隔、孤懸海外的寶島——台灣。
……
這一日，福州原閩浙總督衙門，現已改為太平天國東征行轅的大堂內，將星雲集。蕭朝貴召集林俊、陳屺、黃位等陸師將領，以及南海艦隊主要艦長，商議進軍台灣大計。
巨大的海圖鋪在中央，台灣島的輪廓清晰可見。
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“諸位！”
蕭朝貴聲若洪鐘，指向海圖上的台灣島，
“福建已定，下一步，便是這東海明珠！台灣自古以來便是華夏故土，絕不容許清妖繼續盤踞，更不容西洋紅毛、東洋倭寇覬覦！”
林俊起身，眼中閃爍著渴望建功立業的光芒：
“西王殿下！末將願為先鋒！台灣地形複雜，山林茂密，末將麾下多為閩南子弟，熟悉山地作戰，且與島內義民素有聯絡，正可擔當此任！”
陳屺也慨然請命：
“殿下，台灣府城防禦相對堅固，但澎湖為其門戶，若能先取澎湖，則台灣門戶洞開！末將請率本部人馬，並艦隊配合，先克澎湖！”
蕭朝貴滿意地看著麾下將領鬥誌昂揚，他大手一揮：
“好！陳屺聽令！”
“末將在！”
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