三日後，太平天國東征大軍，在南海艦隊的護航下，浩浩蕩蕩駛向台灣。
正如戰前所料，澎湖守軍兵力薄弱，士氣低落。陳屺率領的先鋒艦隊甫一抵達，僅進行了數輪炮火威懾，媽宮港的清軍水師營便升起白旗投降。澎湖輕易易手，為大軍登陸台灣掃清了障礙。
消息傳回，蕭朝貴立即命令主力船隊啟航。林俊率領的閩南軍團主力，乘坐數十艘大小船隻，在“伏波號”、“揚武號”等主力戰艦的護衛下，直撲台灣府城所在的台南地區，目標首選登陸點——鹿耳門。
鹿耳門水道以形勢險要、迂回曲折著稱，素有“天險”之謂，曾是鄭成功收複台灣時的登陸地。然而，時過境遷，由於泥沙淤積，此時的主航道已不如往昔深闊，大型艦船通行困難。
台灣清軍總兵官劉光明，也算是一員宿將，他判斷太平軍大型戰艦難以直接闖入台江內海，便將防禦重點放在了地勢較為開闊、易於登陸的其它灘頭，而在鹿耳門僅布置了少量兵力監視。
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但他萬萬沒有料到，太平軍對此早有準備。
“伏波號”鐵甲艦在距離鹿耳門數裡外的深水區下錨，巨大的艦體如同一座海上堡壘，提供著強大的火力支援和指揮中樞。而真正的登陸主力，則是數十艘吃水較淺的改裝運輸船和在福建征集來的大型帆船，它們在海軍的輕型炮艇引導下，利用清晨漲潮的時機，毅然駛入鹿耳門水道。
“兄弟們！前麵就是台灣！當年國姓爺就是從這兒登陸，趕走了紅毛！今天，輪到我們太平天國的將士，來驅逐清妖，光複故土了！”
林俊站在一艘改裝運輸船的船頭，手持鐵皮喇叭，對著船艙內密密麻麻、精神抖擻的士兵們進行著最後的動員。士兵們緊握著手中的56式半自動步槍，眼神中充滿了期待與戰意。
登陸船隊冒著岸上零星射來的炮火和槍彈，艱難卻堅定地穿過狹窄的水道。每當岸上有清軍火力點試圖阻擊，後方跟進的太平軍炮艇和“伏波號”遠程火炮便會進行精準的壓製射擊，猛烈的爆炸瞬間將清軍的土木工事掀上半空。
“衝灘！登陸！”
隨著一聲令下，一艘艘運輸船奮力衝上灘頭，船頭跳板轟然放下。
“殺！”
太平軍戰士們如同下山的猛虎，呐喊著躍下船隻，涉過齊膝深的海水，向岸上發起了迅猛的衝鋒。他們以熟練的三三製戰鬥隊形散開，交替掩護，手中的56式半自動步槍和衝鋒槍噴吐出致命的火舌，迅速壓製並清除了灘頭殘餘的抵抗。
鹿耳門守軍本就不多，在太平軍如此凶猛的火力和戰術麵前，幾乎一觸即潰，非死即降。
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