南京國子監內新學與舊儒思想交鋒的餘波尚未平息，一份由樞密院會同兵部、格物院醫學所聯名上奏的《陸軍及海軍醫療保障改革疏》，便再次在朝堂之上，引發了一場雖不似思想辯論那般激烈，卻同樣關乎帝國根基的討論。
這份奏疏的源頭，可以追溯到剛剛結束的收複台灣之役。戰役雖然取得了輝煌的勝利，但隨軍的幾位格物院醫學所觀察員，以及部分有心的將領如陳澤，在戰後總結中都提到了一個無法忽視的問題：軍中醫護。
奏疏中詳細列舉了台灣戰役中暴露出的醫療困境：前線傷兵救治完全依賴隨軍的、數量嚴重不足的傳統“金瘡醫”和僧道郎中，手段原始，多依靠經驗；傷兵轉運回後方營地的過程混亂而漫長，許多本可挽救的士兵因失血過多或感染，死在了顛簸的路上；營地裡所謂的“醫棚”條件惡劣，缺乏統一的衛生管理，傷口“發疽”（感染）而死的比率，甚至超過了陣亡人數；對於敵方傷兵，更是往往棄之不顧，任其自生自滅，這不僅有違人道，有時反而會激化當地人的抵抗情緒。
“陛下，”奏疏的主筆人，格物院醫學所副主事，一位曾深入前線、臉上還帶著南方烈日灼傷痕跡的中年人張繼科，在禦前會議上慷慨陳詞，“台灣一戰，我軍將士勇猛無畏，火炮犀利，戰艦堅牢，此乃陛下聖明，格物之功。然，許多忠勇之士並非死於敵酋刀炮，而是亡於傷後救治不力！一卒之成，需數年操練，耗費錢糧無數，卻因區區創傷潰爛而折損，實乃國之憾事！”
他頓了頓，聲音更加沉痛：“臣等觀紅夷（荷蘭）傷兵，其隨軍醫者雖手段與我不同，卻有固定流程，傷兵集中管理，雖亦多死亡，然其體係初具。反觀我軍，雖有勇力，於此道卻落後矣！長此以往，於軍心士氣，於兵員保全，皆為巨大隱患。”
張繼科的話，讓參與會議的不少老成持重的將領，如剛剛卸任海軍提督、轉任樞密院副使的鄭芝龍等人，都陷入了沉思。他們久經戰陣，見慣了生死，但也深知張繼科所言非虛。一支隻能打勝仗，卻無法有效保全有生力量的軍隊，終究是跛足的。
“爾等有何具體章程？”朱由檢端坐於上，聲音平靜，但目光銳利。他對此事的關注，遠超尋常臣子的想象。在第二卷推動格物院設立醫學所，支持其研究“病菌說”、推廣“高溫消毒法”時，他就已經預見到這一天。戰爭的形態在改變，後勤與醫療保障必須跟上。
張繼科深吸一口氣，呈上了詳細的方案：
“臣等愚見，當在陸軍及海軍體係中，建立獨立的‘軍醫司’，專司一切醫療衛生事宜。其首要之務，乃係統培訓‘戰地救護員’。”
【𝗼𝗼𝗽.𝘁𝘄 無錯章節】
他解釋道，這些救護員不同於傳統郎中，需由識文斷字、身體強健的士兵中選拔，接受格物院醫學所統一的速成培訓，掌握止血、包紮、固定、搬運以及識別常見戰場疾病等基本技能，並配發標準化的急救包。他們將被分配到最基層的哨、隊一級，確保傷員能在第一時間得到初步處理。
“其二，於各主力鎮、協以及海軍分艦隊，常設‘野戰醫院’。”張繼科繼續闡述，“此醫院非固定建築，乃由特製帳篷、車輛或艦船艙室構成，具備機動性。院內需劃分清潔區、處置區、重傷區，配備經過更嚴格培訓的醫官、護士（可從民間招募健婦或使用輕傷員），儲備足量藥材、器械，並能進行較為複雜的外科處置。重傷員經前線救護員處理後，需儘快後送至此類醫院。”
這時，一位兵部的老郎中提出了異議：“張主事所言，固然有理。然則，此舉耗費巨大！培訓人員、設立醫院、配備藥材器械，皆需銀錢。且我軍曆來編製，並無此等員額。再者，醫者地位卑下，於軍中設立專職，品秩如何界定？恐遭衛所軍將抵製。”
這確實是實際問題。改革必然觸及現有的利益格局和習慣。
不等張繼科回答，朱由檢卻開口了，他的聲音帶著不容置疑的決斷：“銀錢之事，可由內帑與太仆寺馬價銀中先行撥付一部分，其餘列入明年兵部預算。員額編製，樞密院與兵部重新核定，非常之時，當行非常之法，可設‘暫編’名額，先行試點。至於品秩地位……”
他略一沉吟，“軍醫司官員，可視同技術官，品秩單列，與同級軍官待遇等同。戰地救護員，享雙份口糧，有功者優先升遷。非常之事，必待非常之人，待其成效彰顯，何人還敢輕視？”
皇帝的金口玉言，瞬間壓下了大部分關於錢和編製的爭議。
然而，最引發爭論的，是奏疏中的最後一條建議：“……對放下武器、不再構成威脅的敵方傷兵，亦應施以必要救護，展現‘王師’氣度，此或可削弱敵之頑抗。”
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