隨後，顏思齊正式遞交歸降文書，將笨港十寨的防務、部眾名冊、糧草軍械等悉數上報，李有為也當場宣讀朝廷任命文書，賜予顏思齊海防遊擊的官服、官印，雙方禮成，歸降事宜正式敲定。
畢竟這也算是雙贏的局麵，顏思齊是想依靠台灣乾一番大事業，但他現在歸順大明已經當上了海防遊擊將軍，也算是夢寐以求的了，畢竟是有了一身官身。
儀式結束後，李有為與顏思齊並肩立於船頭，望著笨港港灣與十寨，李有為說道：“振泉（顏思齊字振泉），從今往後，你便是朝廷命官，鎮守台灣，責任重大。台灣漢人稀少，番族眾多，時不時的有西洋諸國的兵馬，日後你需謹記，一要安撫好移民百姓，保障他們的生計，繼續發展農耕商貿，穩固台灣根基；二要與土著番族保持和睦，互通有無，不可滋生事端；三要加強海防，操練水師，防範它人侵擾，守護大明海疆。”
顏思齊鄭重地點頭，道：“李總兵放心，屬下謹記教誨，定會照辦。屬下在台經營一年，深知此地根基薄弱，定會儘心儘力，帶領部眾與百姓，穩固發展，絕不辜負總兵的囑托。”
李有為滿意地點點頭，又道：“此次我統領四萬水師前來，暫不回撤，將在笨港一帶駐紮休整，一方麵協助你整頓防務，安撫百姓，然後我還會派出將士對土地進行開墾，在上奏朝廷遷南方之民充實台灣。”
“另一方麵，熟悉台灣海域地形，布防海疆，確保台灣安穩。我會抽調部分軍械、糧草，補充你的部眾，再派幾名水師將領，協助你操練水兵，提升戰力。”
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顏思齊聞言，更是感激，道：“多謝李總兵關照，屬下感激不儘！有大明水師坐鎮，台灣定然安穩無虞，屬下也能更好地打理地方事務。”
“嗯，你也組織百姓多修一些城寨，然後在合適地方修建主城，此地已經是我大明的疆土了。”
“是。”
當日，李有為便下令，四萬水師分批登陸台灣，在笨港周邊安營紮寨，休整駐軍。明軍登陸之後，軍紀嚴明，秋毫無犯，絕不騷擾百姓，不破壞村寨，不侵占百姓財物，與笨港的漢民和睦相處，贏得了百姓的一致稱讚。
明軍將士協助百姓修繕村寨、加固寨牆、疏通港灣、開墾田地，與顏思齊的部眾通力合作，相處融洽。原本緊張的氛圍徹底消散，笨港十寨內外，一片祥和安寧的景象。
李有為親自前往笨港十寨視察，看到村寨井然，百姓安居，農耕商貿興旺，顏思齊與番族和睦相處，心中十分滿意。他叮囑駐守的明軍將領，要與顏思齊通力合作，不可歧視歸降部眾，要一視同仁，共同守護台灣，安撫百姓。
同時，李有為下令，保護笨港所有基建設施，船塢、糧倉、田地、集市，一概保留，讓百姓繼續安穩度日，不得有任何破壞。對於顏思齊的部眾，全部納入大明水師編製，發放軍餉、糧草、軍械，待遇與明軍水師官兵一致，月俸足額發放，家中減免徭役，立功者另有封賞，徹底消除了歸降部眾的顧慮。
笨港之內，明軍休整有序，四萬大軍駐紮營地，操練、巡邏、守備，有條不紊。顏思齊則以海防遊擊的身份，打理地方事務，安撫百姓，聯絡番族，整頓舊部，操練水兵，一切步入正軌。
閩南百姓們得知朝廷招安，明軍駐守，再也不用擔驚受怕，心中踏實無比，勞作越發積極，農耕、捕魚、商貿越發興旺。
土著番族得知顏思齊歸降朝廷，大明軍隊駐守台灣，也紛紛前來拜見，獻上獸皮、山貨，表達和睦相處的意願，李有為與顏思齊一同接見番族首領，贈予鐵器、布匹、鹽巴，重申和睦共處之約，雙方關係越發穩固。
土著雖然土，但他們不傻，那麼多堅船利炮，那麼多精銳士兵，他們即便是不歡迎，也不敢說什麼，更何況他們也不是真正什麼都不懂，偶爾也會和外麵的人交流，知道大明的厲害。
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