“病患營”進行隔離治療。而與發病者同帳的人員，則被轉移至更偏遠的“觀察營”繼續隔離。貨物運輸同樣嚴格，所有從東邊運來的物資，必須在指定的幾個露天交接點靜置兩日，之後才由身著特製防護衣物、戴著加厚口罩的流雲幫夥計和兵士接手，運入城中。
天工院與工部工坊司日夜趕工，批量生產出一種以多層細棉布為主、內夾沈清韻提供的簡易活性炭層（雖因工藝初創，吸附效果有限）的防護口罩，以及罩衣、手套等，優先配發給一線的大夫、兵士和流雲幫人員。沈清韻甚至親自到東郊大營，指導兵士如何用開水蒸氣處理木炭以增強其吸附性，儘管短時間內無法大規模應用。
這套前所未有的嚴格防控體係，在最初引起了不小的恐慌和抵觸，但在朝廷強力推行和不斷宣傳下，逐漸為人們所接受。最關鍵的是，接連數日，洛陽城內未發現一例新增感染。景和帝最基本的目標——避免瘟疫傳入京城，初步實現了。東郊大營的煙火氣息，成了帝都安危的奇特屏障。
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然而，在瘟疫的中心汴州及其周邊，景象卻如同煉獄。封鎖令下，汴州城及幾座疫情嚴重的城鎮如同孤島。城內每日死亡人數高達數百，屍體堆積，最初尚有棺木可用，後來隻能草席裹身，集體深埋。官府雖儘力組織，將糧食送至各家各戶門前，要求百姓閉門不出，但在人口密集、共用水井的平民區，疫病仍以可怕的速度蔓延。
最先發現疫情的陳留縣，情況尤為慘烈，過半人口出現症狀，死亡率超過一成，十室九空已非虛言。通往汴州的各條道路被官兵死死封鎖，物資運輸嚴重受阻，大量貨物滯留途中，或被迫繞行遠路，成本激增。
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