瞬間被恐懼取代。他們親眼見過朱棣的鐵腕，知道這位皇帝說一不二，真的敢殺人。不少人猶豫再三，最終還是選擇了妥協。
“罷了罷了，遷往北平河北也好，總比死在這裡強！”
“滇黔雖然蠻荒，但有五年賦稅減免和安家銀，或許能有條活路……”
在朝廷的恩威並施下，流民遷徙工作漸漸展開。各地官府組織船隻、車輛，將流民分批運送。前往滇黔的隊伍尤為龐大，綿延數十裡，一路上，官府派專人護送，提供飲食與藥品，儘量減少流民的傷亡，當白花花的真銀發到流民手中，他們也就不再反對了。
北平、河北一帶的遷徙工作則順利得多。北平作為朱棣的龍興之地，近年來一直被重點經營，土地肥沃，交通便利，又有邊貿之利，不少流民都願意遷往此處。抵達目的地後，官府按照旨意，為他們分配土地、耕牛、種子，流民們迅速投入到開墾耕種中，北平、河北一帶的荒地漸漸變成了良田，人口也日益稠密。其餘如山西陝西遼東山東，人煙氣也多了些。
而那些依舊拒不遷徙的流民，很快便嘗到了朱棣“大刀”的厲害。應天城外，一群流民在少數人的煽動下，聚集起來衝擊官府，拒絕遷徙。負責護衛的京營將士毫不猶豫，立刻展開鎮壓，刀光劍影過後，為首的幾名煽動者被當場斬殺，屍體懸掛在城門上示眾，足有數百人因此喪命。
“這就是不識抬舉，違抗皇命的下場！”校尉冰冷的聲音回蕩在空氣中，“再有鬨事者，一律格殺勿論！”
剩餘的流民嚇得瑟瑟發抖，再也不敢有絲毫反抗，紛紛乖乖登記遷徙。血腥的鎮壓起到了殺雞儆猴的作用，各地的流民遷徙工作再也沒有遇到大規模的阻力，順利推進。
與此同時，傅友德、藍玉在京述職完畢後，朱棣又下旨：西平侯沐英勞苦功高，晉封滇國公，繼續留守雲南，統帥大軍掃清境內“不順之民”，全權負責雲南的軍政事務，便宜行事；傅友德、藍玉率軍返回北方，鎮守邊疆，防備元廷殘餘勢力。
“不順之民”四個字，看似模糊，實則賦予了沐英生殺大權。沐英深知朱棣的用意，所謂“不順之民”，既包括那些負隅頑抗的蠻夷部落，也包括那些不願接受漢化、暗中勾結外敵的土司。他抵達雲南後，立刻調集大軍，對各地“不順之民”展開清剿。
雲南境內的蠻夷部落，大多依山而居，民風彪悍，不願臣服於大明統治。沐英采取“恩威並施”的策略，對願意歸降、接受漢化的部落，予以安撫，發放糧食、布匹，幫助他們發展生產；對拒不歸降、多次挑釁的部落，則率軍強行鎮壓，攻破山寨，將部落首領斬首示眾，部落民眾或遷往平原地區與漢民雜居，或編入軍戶，強製漢化。
清剿行動持續了數月，雲南境內的反抗勢力被徹底肅清，社會秩序漸漸穩定下來。可就在沐英準備集中精力發展生產時，朱棣的另一道聖旨又送到了雲南，讓他哭笑不得。
聖旨中下令：滇國公沐英即刻率領麾下十餘萬大軍，逢山開山，遇水架橋，在雲南、貴州一帶廣修棧道、驛道，打通與中原及東南亞的交通要道；同時，鼓勵大軍參與商貿活動，組織車隊、船隊，將雲南的茶葉、藥材、礦產運往中原，將中原的絲綢、瓷器、糧食運往雲南，繁榮邊疆貿易；此外，三百名新封的翰林院庶吉士與一百名新科進士已啟程前往雲南，由沐英統一調配，負責教化蠻夷、推行新政、管理商貿事務。最後，聖旨末尾特意注明：朝廷財政緊張，此次修路、拓商、教化所需經費，一律由雲南當地土司承擔，朝廷不予撥款。
“陛下這是把難題都丟給臣了啊！”沐英拿著聖旨，苦笑著對身邊的副將說道，“十餘萬大軍放下刀槍去修路經商，還要養活四百名文人，經費還要向土司索要，這可不是件容易事！”
副將也麵露難色：“土司們本就對朝廷心存抵觸，如今要他們出錢出力，恐怕不會輕易答應。”
沐英沉吟片刻，眼中閃過一絲堅定：“陛下既然將此事交給臣，臣便不能辜負陛下的信任。土司們若是識相，乖乖出錢出力，便既往不咎；若是敢違抗，便以‘不順之民’論處，正好借機削弱他們的勢力！”
隨後，沐英立刻召集雲南各地的土司前來昆明議事。土司們得知朝廷要他們出錢修路、支持商貿，一個個麵露難色，紛紛推諉。
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