相是參與了的。現在陛下已經登基為帝，可丞相的地位卻沒有進一步提升，我猜他心裡是希望能裂土封王。而且陛下要是不問我，我還不敢說。丞相的大兒子李由是三川郡的郡守，楚國盜賊陳勝等人都是丞相家鄉附近的人（胡三省注：李斯是汝南上蔡人，陳勝是潁川陽城縣人，汝南和潁川相鄰），所以楚國盜賊公然橫行，經過三川郡時，李由卻不肯出擊。我聽說他們之間有書信往來，但具體情況還不清楚，所以一直沒敢向您報告。況且丞相在外，權力比陛下還大。”秦二世聽了，覺得很有道理，想要查辦丞相；但又擔心情況不屬實，於是先派人去調查李由與盜賊勾結的情況。
李斯得知後，上書給秦二世，揭露趙高的罪行：“趙高這個人，擅自作威作福，和陛下您沒什麼兩樣。從前田常擔任齊簡公的相國，竊取了齊簡公的權力，對下贏得了百姓的支持，對上控製了大臣，最終殺了齊簡公，奪取了齊國，這是天下人都知道的事情（胡三省注：此事見《左傳》）。現在趙高心懷不軌，有犯上作亂的意圖，他家裡的財富，就像當年田氏在齊國那樣多，而且他貪得無厭，不停地追求利益，他的權勢僅次於陛下，欲望卻沒有止境，還想劫持陛下的威望，他的野心就像當年韓玘（胡三省注：《索隱》說，“玘”，是韓國的大夫，殺了他的君主悼公。然而韓國並沒有悼公，或許是鄭國的君主。根據《史記》的年表，韓玘侍奉昭侯，昭侯之後四代到韓王安，所以李斯的說法不對。我看李斯上書的意思，正是因為胡亥麵臨的亡國之禍迫在眉睫，所以用韓安因為任用韓玘而導致韓國滅亡的事情來警醒他。韓安在位的時候，他的大臣中肯定有叫韓玘的，隻是史書沒有記載這件事罷了。李斯和韓安是同時代的人，而韓安亡國的事情胡亥也有所耳聞，正所謂‘殷鑒不遠’。《索隱》在幾百年後質疑李斯的說法不對，這合適嗎！）做韓安的相國時一樣。陛下要是不早做打算，我擔心他一定會發動叛亂。”秦二世卻不以為然：“你這說的是什麼話！趙高原本是個宦官，但他並沒有因為身處安逸的環境就放縱自己，也沒有因為身處險境就改變忠心，他品行高潔，一心向善，才走到今天這一步。他憑借忠誠得到提拔，靠信守職責保住官位，我覺得他是個賢能的人。（胡三省注：這就是所謂麵臨亂世的君主，都認為自己的大臣是賢能的）而你卻懷疑他，這是為什麼呢？況且我不依靠趙高，還能依靠誰呢！而且趙高為人精明廉潔，辦事得力，對下能了解百姓的心思，對上能讓我滿意，你就別再懷疑他了！”秦二世向來寵信趙高，擔心李斯會殺了他，就私下把李斯上書的事情告訴了趙高。趙高說：“丞相最忌憚的人就是我；我要是死了，丞相就會像田常那樣謀反。”
當時，盜賊越來越多，而關中征發的士兵不斷向東去攻打盜賊。右丞相馮去疾、左丞相李斯、將軍馮劫進諫說：“關東地區盜賊紛紛起兵，我們雖然派兵前去追擊攻打，殺死和俘虜了很多盜賊，但還是無法平息叛亂。盜賊之所以越來越多，是因為戍邊、漕運、轉運、勞役等事務太過繁重，百姓苦不堪言，而且賦稅也非常沉重。懇請陛下暫且停止阿房宮的修建，減少四方的戍邊和轉運任務。”秦二世卻回應道：“但凡擁有天下的人，就應該能肆意享樂。君主最重要的是明確法令，讓君臣之間的權勢分明，使下麵的人不敢為非作歹，這樣才能統治四海。像虞舜、夏禹那樣的君主，雖然貴為天子，卻親自承受貧苦，為百姓獻身，這對於治理國家又有什麼用呢！況且先帝出身諸侯，兼並了天下，天下平定之後，對外驅逐四方的蠻夷來安定邊境，修建宮殿來彰顯自己的得意之情，先帝的功業是有目共睹的。如今我即位才兩年，盜賊就紛紛而起，你們卻不能加以禁止，還想廢除先帝的作為。這樣一來，對上你們無法報答先帝的恩情，對下不能為我儘忠效力，你們還有什麼資格身居高位！”於是，秦二世將馮去疾、李斯、馮劫交給獄吏，查辦他們的其他罪行。馮去疾和馮劫不願受辱，選擇自殺，隻有李斯被關進監獄。秦二世把李斯交給趙高審訊，讓他追查李斯和兒子李由謀反的罪狀，還將他們的宗族、賓客全部抓捕。趙高審訊李斯時，對他嚴刑拷打，多達一千多次。李斯實在忍受不了劇痛，隻好含冤認罪（胡三省注：自己誣陷自己謀反，從而服罪）。
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