永曆九年夏，長江三角洲的梅雨季節如期而至，潮濕悶熱的空氣籠罩著新近光複的江南大地。然而，與天氣的沉悶形成鮮明對比的，是永曆政權內部高漲的士氣和迅猛的擴張勢頭。在南京光複的巨大衝擊波和後續強有力的政治軍事組合拳下，蘇南各府縣的收複工作進展神速，但也並非一帆風順。複雜的局勢考驗著新政權的智慧和手腕。
這一日，南京皇城武英殿內，朱常沅正與李元胤、沐涵、嚴起恒等人議事，聽取來自各方的最新奏報。好消息絡繹不絕，但其中也夾雜著一些亟待解決的難題。
征東將軍焦璉派快馬送來捷報：“……托監國天威，我軍自鎮江東下，常州、無錫、江陰等邑，皆望風歸附。蘇州城清吏，見臣大軍壓境，內部生變，綠營參將王佐反戈，擒殺清巡撫土國寶，開城迎降。臣已率部入駐蘇州，安民已畢，正分兵收取吳江、昆山、常熟等縣，蘇南大局已定！”
平南將軍周諶亦有奏報至：“……臣部已克複蕪湖、太平府，當塗縣亦降。現兵臨寧國府城下，府內清軍據城頑抗，然士氣低落，破之當在旬日之間。浙江方麵，虜巡撫蕭起元似有異動，臣已加意防範。”
然而，沐涵掌管的靖安司和都察院，也帶來了更為複雜的情報：
“監國，蘇鬆等地雖已光複，然情勢複雜。歸順官員中，良莠不齊。有真心歸附者，亦有見風使舵，甚至暗通虜廷，預留後路者。如新歸附的鬆江某副將，私下仍與沿海虜黨有所勾連。”
“各地綠營降軍，數目龐大，安置頗費周章。若處置不當，恐生變亂。”
“更有甚者，太湖周邊及部分濱海水域，仍有小股清軍殘部及海盜水匪活動，劫掠商旅，危害地方。”
朱常沅聽罷，沉吟片刻，道：“此乃必然之勢。得地易，治地難；收兵易，收心難。當此之時，需剛柔並濟，剿撫並用，既顯天威，亦施仁政。”他隨即做出係列指示：
一、對已歸順地區，以“撫”為主，迅速建立有效統治。
派員接管，甄別官吏：朱常沅采納沐涵建議，從隨行文官及南京投誠士子中，選派乾練官員為“安撫使”、“巡察禦史”，分赴各府縣，接管政權，清查府庫，並對歸順官員進行嚴格甄別。對清廉乾練、真心歸附者，留任乃至升遷；對庸碌無能或心懷異誌者，或調離要職，或勒令致仕；對劣跡昭著、民憤極大者，則依法嚴懲，以儆效尤。
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整編降軍，強化控製：嚴令焦璉、周諶等將領，對投降的清軍綠營部隊，進行徹底整編。汰弱留強，打散原建製，融入永曆軍序列，或轉為地方守備、屯田部隊。軍官需集中受訓，灌輸忠君愛國思想。同時，派遣永曆軍骨乾入駐各要地，確保軍事控製權。
減免賦稅，收攬民心：再次明發詔書，重申減免江南地區三年錢糧，嚴厲禁止各級官府巧立名目、額外加派。由嚴起恒戶部派出乾員，督導地方恢複生產，平抑物價，使百姓真正感受到“王師”帶來的實惠。
二、對負隅頑抗及匪患，以“剿”為主，堅決武力清剿。
打擊殘敵：命令焦璉，在穩定蘇州後，立即分兵清剿太湖流域的清軍殘部和水匪，確保蘇鬆腹地安全。命令水師提督周瑞，派艦船巡弋長江口及沿海，肅清虜黨哨船，保護航運，並協助陸師剿匪。
震懾宵小：對個別仍試圖據城頑抗的州縣，如周湛正在圍攻的寧國府，采取堅決的軍事打擊，破城後，對首惡嚴懲不貸，以震懾所有潛在抵抗者。
三、加強情報，防患未然。
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