碼頭上的力夫、港口的消防治安，都歸其管轄。
下設營造科、倉儲科、作業科、港巡科。
這是一個看起來油水最足，也最接地氣的部門。
其四，舟師清吏司。
此乃鎮海司的利刃。負責建造、維護、指揮鎮海司直屬的護航艦隊。
其職能簡單而霸道：打擊海盜，稽查走私，保障航道安全。
下設艦船科、偵緝科、巡防科、武備科。
從戰船的龍骨鋪設，到火炮的鑄造，再到水手的操練，皆由其一手包辦。
這是陸明淵手中最硬的底牌，也是朝堂諸公最為忌憚的力量。
除了這四大清吏司，為防其權力過大，尾大不掉。
章程中還特設了四大監督部門，直接向鎮海使與左右輔政負責。
設經曆司，負責公文往來、檔案管理、印章保管，是鎮海司的“大管家”。
設稽核司，負責審計錢糧賬目、核查公文，防止貪腐和差錯。
設司獄司，負責關押在執法中捕獲的海盜、走私犯、不法商人，擁有獨立的審訊與關押之權。
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設倉廩司，管理鎮海司收繳上來的銀庫與物資倉庫，是鎮海司的後勤中樞。
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