商洛山中的殘寇已如風中殘燭，曹文詔接到皇帝八百裡加急密旨時，剛剛打退了一次李自成部的垂死反撲。密旨內容讓他既感意外，又覺責任重大——皇帝要他立刻從虎賁衛中，挑選二十名最精銳、最忠誠、且最好有一定醫術或野外生存經驗的士卒，組成一支絕密小隊，由他親自率領，南下南京！
任務目標：潛入疫情最嚴重的南京城，查明瘟疫真相，尋找可能與“淨世會”有關的線索，並儘可能搜集周延儒被害的證據。
沒有援軍，沒有後路，甚至不能暴露官方身份。這是一趟九死一生的“自殺式”任務。
曹文詔沒有片刻猶豫。虎賁衛本就是皇帝親手打造的死士，皇命所在，萬死不辭。他連夜挑選了二十名跟隨他出生入死、絕對可靠的的老兵，這些人大多經曆過黑虎山和陝西的一係列惡戰，心誌堅毅，身手不凡。
朱由校（陳遠）在小隊出發前，於西苑秘密營地親自為他們送行。他沒有說太多冠冕堂皇的話，隻是將一麵小小的、繡著“忠勇無雙”四個字的錦旗交給曹文詔，沉聲道：“曹將軍，諸位壯士，大明之安危，江南數百萬生靈之存續，皆係於爾等此行！朕……等你們回來！”
“赴湯蹈火，在所不辭！”二十一人齊聲低吼，聲音不大，卻帶著撼人心魄的決絕。
他們沒有走官道，而是化裝成逃難的商隊，繞行小路，星夜兼程，直撲南方。每個人懷中，除了武器和必要的乾糧，都帶著一份由朱由校根據現代知識整理的、關於防疫和鼠疫初步認識的“指南”，以及太醫院提供的幾種據說可能有效的辟瘟藥方。
就在曹文詔小隊南下的同時，朱由校在北京的行動也更加激進。他深知，不能將所有希望寄托在一支小隊身上。他必須多管齊下。
他再次強令戶部和內帑擠出一筆巨額款項，不顧朝臣反對，用以在運河沿線關鍵節點大規模設置隔離營和檢疫卡，並強製推行焚燒屍體、石灰消毒等嚴厲措施。他知道這些手段在這個時代顯得不近人情，甚至會引發民怨，但在可怕的瘟疫麵前，必須采取最果斷的措施。
同時，他催促徐光啟，不惜一切代價加快對信號源的定位。格物院幾乎是全員動員，日夜不停地計算、分析。終於，在曹文詔小隊離開五天後，徐光啟帶來了一個振奮人心的消息。
“皇上！定位到了！雖然範圍依舊很大，但我們已經將信號源的範圍，縮小到了南京城東，大約……方圓五裡的區域！那裡主要是官署、倉庫以及一些富商巨賈的宅邸！”
方圓五裡！這已經是一個可以著手排查的範圍！
“好！”朱由校精神一振，“立刻將這個範圍密送給駱思恭，讓他動用南京城內所有能動用的暗樁，秘密排查這個區域內所有可疑的人員、建築！重點是近期有新人員入住、或有異常物資進出的地方！”
“臣遵旨！”徐光啟領命而去，雖然疲憊，但眼中閃爍著興奮的光芒。科學，第一次在對抗這神秘威脅中，發揮了關鍵作用。
然而，技術的突破並未能緩解現實的危機。瘟疫依舊在以驚人的速度向北蔓延，朝廷的封鎖措施在恐慌性逃亡和落後的執行力麵前，效果有限。各地的壞消息不斷傳來，朝中要求皇帝“下罪己詔”、“祈天禳災”的聲音再次高漲。
朱由校頂著巨大的壓力，堅決否定了這些虛無縹緲的提議。他知道，問題不出在天，而出在人！
他現在唯一的指望，就是曹文詔小隊能帶回決定性的證據，以及格物院和駱思恭在南京的暗中調查能有所發現。
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時間一天天過去，每一刻都是煎熬。
十天後，終於有消息從南方傳來。不是曹文詔的，而是駱思恭通過特殊渠道送回的密報。
“皇上，南京暗樁回報，在鎖定的城東區域內，發現一處可疑宅院。原為一名福建海商的別業，三個月前被一夥身份不明之人重金租下，深居簡出，常有古怪貨物夜間運入。暗樁冒險靠近，曾聞其內有……類似格物院那種‘電機’運轉之聲！且周邊鄰居反映，此夥人似乎不懼瘟疫，從未見其有染病或恐慌之態！”
不怕瘟疫？！電機運轉聲！
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