前畫了個十字。
哈雷趕忙下意識地正了正身子，好像牛頓對神的崇拜對比出他對神的褻瀆。他感到一種無形的威嚴向他壓來，不覺垂下眼瞼，看著自己的雙手。一會兒他又小心地問道：“先生這樣虔誠，為什麼當初在三一學院畢業時不接受神職呢？”
“這正是出於對上帝的崇拜與敬仰。我選擇自然哲學，就是要用自然哲學的思維去證明神的存在。你知道，他們那些神職人員是不能完成這個任務的。”
【𝗼𝗼𝗽.𝘁𝘄 無錯章節】
哈雷無話可說了。喝了一會兒茶，他知趣地起身告辭。在走廊上他叫住凱瑟琳問道：“你舅舅近來脾氣怎樣？”凱瑟琳手裡端著盤子，將嘴湊到哈雷耳邊說：“越來越固執了，誰的話也聽不進去。每天來訪的都是些神父、主教。”說完匆匆走了。
剛才牛頓的那些話使哈雷心裡沉甸甸的。他百思不得其解，這個科學巨人，他的朋友，他的師長，正當他在對自然的宣戰中取得如此顯赫的成果，全歐洲都在羨慕他，以他為旗手、為偶像時，而他自己怎麼一下子又帶著這全部的戰利品、全部的榮譽去甘心投靠上帝，去做一名僕人，做一名小卒呢？這確是一場悲劇。後來恩格斯有一句名言替哈雷回答了這個問題：“哥白尼在這一時期的開端給神學寫了挑戰書，牛頓卻以關於神的第一推動的假設，結束了這個時期。”
牛頓的晚年除了寫他那有150萬字的神學巨著外，就是享受非凡的榮譽。1703年11月30日，他被選為皇家學會會長，連續擔任這個職務近四分之一個世紀。1705年，他被封為貴族。
1727年2月28日，牛頓以85歲高齡在倫敦剛剛主持了皇家學會的一次會議，突然膽結石症發作，一陣疼痛昏迷過去。整整一天一夜，他才睜開那雙疲倦的眼睛，汗水將他兩鬢的白髮濕成一團。他看看周圍，守在床邊的有他的外甥女凱瑟琳；有他忠實的朋友，《自然哲學的數學原理》第一版的出版助手哈雷；有《自然哲學的數學原理》第二版出版的助手，一位年輕的醫生亨利·彭伯頓。他突然喊道：“科茨呢？他為什麼不在？”哈雷見他被疼痛折磨成這個樣子，眼眶裡早已噙著兩汪淚水，又見他問起科茨，便知他的神誌已不大清楚了。可憐的科茨，在1716年年紀輕輕就不幸離開了人世，所以才調彭伯頓來繼任牛頓的出版助手的。
這時牛頓也已清醒過來，便不再問什麼，隻是緊緊地閉上眼睛，眼縫裡滲出兩行渾濁的淚水。凱瑟琳一下撲在舅舅的身上，不停地嗚咽著。牛頓伸出他那雙青筋突起、上麵布滿由於化學實驗造成傷痕的手，撫著凱瑟琳的肩，睜開眼。他看看哈雷和彭伯頓，聲音不大但很清晰地說：“是的，我該走了，連科茨他都先走了，我還留在這裡幹什麼？我本來就是上帝的僕人，早該回到他的身邊。這一生，我為自然哲學，為我們至高無上的上帝盡了一點兒義務。我不知道世人將對我如何評價，不過我自己覺得我隻不過像一個孩子，在海濱嬉戲，不時拾起一塊較光滑些的石子，一個較美麗的貝殼，高興地賞玩，至於真理的大海，則在我的麵前還遠未被發現呢。”
1727年3月20日，牛頓病逝，享年85歲。英國政府為他舉行了國葬，享受偉人待遇，葬於威斯敏斯特教堂。他睡進了隻有英國歷史上最著名的藝術家、學者、政治家、元帥才配安息的地方。他去世四年後，人們為他立了雄偉的墓碑，並刻了這樣一段銘文：
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