裡也多次出現煉金術、哲人石（煉金的關鍵催化劑）。當回憶起自己的父親，浮士德說道：
我父親是個不為人知的君子，
對自然及其聖境，
誠實研究，異常熱情，
怪癖地費儘心思；
他結交一些煉金術士，
把自己關在黑暗的丹廚，
根據無數配方，
把相克的東西混在一起。
他讓大膽的求婚者、紅獅，
與百合在溫水中婚配，
再加上熊熊的火焰烤製。
色彩繽紛的年輕女王，
在玻璃瓶中誕生。
浮士德父親以煉金的方式煉丹，以此治病救人，隻不過丹藥無效，百姓被蒙在鼓裡還感恩戴德，在這裡，歌德對煉金術的態度是西方文化裡常見的：它意味著欺騙、詭詐。類似的，但丁在《神曲》中一樣貶低煉金術，他把那些用煉金術製造不純合金的偽幣製造者放逐到地獄。煉金術為什麼會遭遇這樣的惡名呢？大概是因為，在古代的拉丁世界，煉金術大行其道，大量的著作與實踐都在探討如何從金屬、石頭、硫酸鹽、硼砂等物質中蒸餾和升華出純金。可是，凡人所造之物，是不可能與上帝所造之物匹敵的，煉金術士們隻能製造出模仿上帝的劣等品，更何況這幫人天天講黑話，搞隱微寫作，給煉金手冊加密，久而久之，玄而又玄。
不過，歌德對煉金術倒也沒一棒子打死，因為，煉金術本身蘊含的精神追求，恰恰是浮士德精神的內核。煉金的過程是一個提純的過程，去除賤金屬的雜質，獲得最純潔、最不容易受到腐蝕、最堅硬的真金。從道德上看，真金（pure gold）對應著真意（true will）。它是一個人追尋自我實現的精神目標，是以自我錘煉的方式在人這一實在的最高層次的靈性上獲得滿足，與水仙花的飛升異曲同工。
【相關詞條】魔法、水仙花、蒸餾瓶
【示例】“我第一次感到無論機械還是煉金術，不過是將我們的身體教給我們的真理應用於對宇宙的探究。”（尤瑟納爾《苦煉》）
【注】中世紀煉金術秘方一則：首先把兩隻雞鎖在很窄的地方，把它們喂得飽飽的，然後讓它們交配下蛋，將下的蛋給蜥蜴去孵化。蜥蜴媽媽孵出的小雞長出了蛇尾，接著又變成了蜥蜴，將其進行焚化，把屍體的灰燼與醋混合，構成最關鍵的催化劑。（本秘方不保真）
蒸餾瓶（Alembic）
【詞性】名詞。
【簡釋】煉金術中最常見也最具象征意味的容器，用來迫使物質離開原處。
【擴展釋義】《浮士德》第二幕出現了浮士德的學生瓦格納用蒸餾瓶做實驗的情節，這是對煉金術最具體的一次描寫，不過，瓦格納煉的不是真金，而是“人”。瓦格納在實驗室造人的過程，與科學怪人弗蘭肯斯坦的造人不同。瑪麗·雪萊筆下的科學怪人是解剖學式地造人，他總是跑到墓地盜取殘肢，再帶回實驗室拚裝，而《浮士德》中的造人，用的工具是爐灶與蒸餾瓶。瓦格納造人的情節就暗示著煉金術對“人”的創造與抵達：
瓦格納：
沒有的事！以前流行的繁殖方式，
我們認為是無聊的把戲。
（轉向爐灶）
在發光！瞧！——希望有門道，
隻要摻和數百種原料，
摻和是關鍵。
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