沒有認為承認這一點和否認自己不虔敬有什麼矛盾，美勒托斯似乎也沒有因為蘇格拉底承認了他信精靈而認為抓住了他的大把柄。
因此，在雅典，真正的不敬之罪是無神論。而普羅塔戈拉和阿納克薩戈拉遭到的控訴也都是無神論。雅典人誤把蘇格拉底當成了智者，所以《雲》中的蘇格拉底也是一個無神論者。在這樣的語境中，我們很難想象，美勒托斯會認真地因為蘇格拉底崇拜別的神祇而控告他。美勒托斯控告蘇格拉底不敬神的真實含義，是說蘇格拉底與普羅塔戈拉、阿納克薩戈拉等智者一樣，是根本不相信有神存在的無神論者（26d6）。所以，當蘇格拉底讓美勒托斯親口說出，蘇格拉底根本不信神存在時（26c7），並不是偷梁換柱的詭辯，而是讓美勒托斯進一步澄清了他訴狀中的指控。
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但是，在美勒托斯/雅典人與蘇格拉底之間，難道真的隻有誤解嗎？如果這隻不過是誤解，在蘇格拉底作了那麼多澄清之後，即使美勒托斯固執己見，難道雅典人不會回心轉意嗎？在蘇格拉底明確承認他相信阿波羅存在並且遵從他的神諭，不時用神的名字起誓，辨明了他不是阿納克薩戈拉那樣的智者，而且以相信精靈的存在為由，證明了他不可能不相信精靈的父母神的存在（27b2-28a1）之後，為什麼美勒托斯和雅典人還堅持認為，蘇格拉底犯有不敬神之罪呢？
要理解蘇格拉底的“不敬之罪”，我們還需要回到《遊敘弗倫》這篇以“論虔敬”為主題的對話。在通篇對話中，蘇格拉底與遊敘弗倫討論的，不是“諸神是否存在”，而是“什麼是虔敬”。蘇格拉底、遊敘弗倫、美勒托斯/雅典人之間的區別，並不是是否相信神的存在，而是如何對待諸神。蘇格拉底並非不承認諸神的存在，也沒有否認城邦的宗教儀式。在宗教祭祀上，他做得甚至比一般雅典人還要虔誠。監獄中本來沒有死刑犯向神祭祀的儀式；蘇格拉底在喝下毒藥之前，卻要向神行禮（《斐多》117b6-7）；甚至在臨死的時候，他都不忘囑咐克力同，要向醫神阿斯科勒庇俄斯祭獻一隻雞（118a7-8）。專門討論虔敬問題的對話雖然隻有《遊敘弗倫》一篇，但我們在很多對話中都能看到蘇格拉底談他與神的關係。這些都表明，蘇格拉底不可能是否定諸神存在的無神論者。正如McPherran在《蘇格拉底的宗教》中指出的，蘇格拉底與一般雅典人真正不同的是，他把對美好生活的哲學追求與對諸神的崇拜結合在了一起。
比如，蘇格拉底認為戰爭是不好的。因此，他雖然相信諸神存在，卻不能相信諸神之間會有戰爭，尤其不能相信，主神宙斯會真的篡奪了父親克洛諾斯的王位（《遊敘弗倫》6a7-9）。他心目中的神，一定是好的，不可能有不義之舉，不可能有相互的仇怨和爭鬥，更不會做下連人都不會做的壞事。而且，蘇格拉底在此明確指出，他之所以被告，就是因為他不相信這些事（6a6-7）。當蘇格拉底這麼說的時候，他遠比說美勒托斯可能因為精靈而告他（31d1-2）要認真。
從這個意義上理解，哪怕蘇格拉底的守護神真的成了美勒托斯狀告他的一個理由，那也不是因為蘇格拉底相信別人並不相信的守護神的存在，而是因為他與這個守護神的特殊關係遭致了雅典人的嫉妒和反感。引進無論什麼神祇，雅典人都是可以接受的，但他卻說，這個神是專門保護他的，而且是他的道德指南，這是雅典人無論如何不願意承認的。
正如施特勞斯指出的，蘇格拉底引進雅典的不是什麼新神，而是哲學的“樣式”。
真正讓雅典的政治家和詩人等等無法接受的，是蘇格拉底似乎把哲學放在了比諸神更高的位置。他雖然承認諸神的存在，但在他這裡，諸神並不是最後的標準，最後的標準是“好”。如果諸神做的某些事（比如宙斯推翻克洛諾斯這件事）是不好的，那他寧願相信這些事不是諸神做的。蘇格拉底真正崇拜的，並不是神，而是“好”的樣式。這樣看來，雅典人控告他不虔誠，並不是子虛烏有。他的的確確用“樣式”這個新神取代了雅典傳統固有的諸神。
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