種晾曬工作，要打造專門的木製曬架。後來官府覺得木製太容易壞，損耗驚人，便改變了做法。他們在每間庫房門口，都用磚頭砌了十個高二尺五寸的小墩，長三磚，寬兩磚，彼此相隔七尺。然後在磚墩之間，架起四根長七尺的鐵棍，黃冊就掛在這些晾衣竿上晾曬。
從現代科學的角度來看，陽光對紙張保存的傷害也夠大的。不過以當時的條件，能做到這麼細致已經算是儘力了。
除了防潮，黃冊庫對於防火也下了一番功夫。
黃冊庫內，嚴禁動火，即使到了晚上也不許點燈，冬季亦不許生爐取暖。庫房裡的地麵都要鋪設沙子，上覆木板。這樣既可防火，又可防鼠患。
就連管理人員的廚房，都要隔開庫房一裡開外。
這是洪武、永樂年間的格局。後來到了正德年間，梁洲增設的庫房越來越多了，距離廚房越來越近，主官索性把廚房給移到環洲上去了。每次人員吃飯，都必須從梁洲跑到環洲。這樣做很不方便，但上頭對此絕不通融，甚至還特意立了一塊牌子：“敢有將火過橋者，治以重罪。”
黃冊庫的防火工作，算得上一個不大不小的奇跡。這麼多紙堆在一處，整整兩百六十多年，居然一次火災都沒有。
硬件的問題解決了，還有一個軟件問題。
這些檔案實在太多了，又來自五湖四海，必須有一套科學的排列方式，方便日後檢索。
後湖黃冊庫的庫房，是以東、西、南、北、前、後為名。具體到庫房內的架閣，則以“千文架閣法”做編號。
這是宋仁宗時發明的檢索編號法。簡單來說，就是以《千字文》為批，歲月為次，依序排列。《千字文》裡的一千個字絕無重複，特別適合編碼。咱們現在常說的天字第一號、天字第二號，其實就是這種檢索法的產物。
不過具體到黃冊本身，動輒幾萬冊，千字文係統顯然就不堪敷用了。
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黃冊庫的辦法是，先把同一期攢造的黃冊放在一起，然後再按直隸布政司、府、州、縣、裡坊廂、都、圖等一路細分。還要用一長條白紙寫明所屬，夾在黃冊之間。
這種分類，是為了方便地方查詢。後湖庫存的黃冊大部分是裡冊，屬於最權威的原始資料，一旦地方上有什麼糾紛，就會來這裡調閱舊卷，平息訴訟。這是後湖黃冊庫最重要的職能之一。
如果有人——比如說前文曾經提及的那位休寧縣的平民王敘——想要查自己家在洪武二十四年的檔案，他該怎麼做呢？
第一期攢造黃冊是洪武十四年，第二期攢造在洪武二十四年。《千字文》有雲：“天地玄黃。”所以王敘要先找“地”字號架閣。
他拿著一張對照表，發現“地”字號架閣是在梁洲前五號庫裡。他打開庫房，走到“地”字號架閣，會看到一摞摞黃冊整齊地排列在木架格子裡，外頭貼著索引條。王敘找了一圈，看到“直隸徽州府”字樣，趕緊走過去，從這一摞黃冊裡翻出標明“休寧縣”的幾本冊子，再找到裡仁鄉呈遞的分冊，翻開裡麵的二十七都、第五圖，就能知道自家祖上的戶籍情況了。
後湖黃冊庫的落成年代不詳，但肯定是在洪武十四年到洪武二十四年之間。也就是說，朱元璋忙完第一期攢造黃冊，就開始責令工部籌備庫房建設了。到了洪武二十四年，朝廷已有明文要求各地黃冊並魚鱗圖冊要“俱送戶部，轉送後湖收架”，可見其已正式投入運營。
黃冊庫最初的規模並不算大，隻在梁洲之上修起了三十六間庫房。其中九間庫房存放洪武十四年檔案，一共用了三十五座架閣；洪武二十四年則用了庫房二十五間、架閣一百座。
從此，隨著每十年大造黃冊，後湖黃冊庫一直在擴建。
到了永樂帝，大明把都城遷到了北京。本來永樂應該把後湖檔案也遷過去，可是北京周邊找不出像玄武湖這麼天造地設的湖泊——有也沒用，冬天湖麵一上凍，任何人都能闖進去。後湖黃冊庫遂留在了南京，由南京戶部代管。
這麼決定的另外一層考慮是，江南是天下稅賦重地，乾係重大，黃冊庫設在這裡，能更好地為其服務。
於是從永樂開始，每期黃冊造完，除了總冊需要進呈北京之外，其他裡冊仍舊存放在這裡，一直持續到明末。
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