寺右寺丞、大理寺左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。016這樣一個閒曹自然不能令海瑞滿意，因為他是倫理道德的堅決信奉者和實行者，對國家和人民具有高度的責任感。
1569年年初的京察，按照慣例，凡屬四品以上身服紅袍的官員都應當作出自我鑒定。於是海瑞在奏折中說：陛下既然赦免了我的死罪，又對我破格擢升，在所有的文臣之中，沒有一個人會比我更迫切地要求報答陛下的恩典。接著，他謙虛地聲稱自己才淺識疏；又接著，他表示自己現任的職務隻是專管辨別、查驗公文和訴狀，看罷以後原封發送到相關部門，並沒有承擔上傳下達的重大責任，但是連這樣的一個位置還不稱所職，所以不如乾脆把我革退。017
這樣看來，海瑞並不是完全不懂得陰陽之道的精微深奧。他陽求罷免，陰向管理人事的官員要挾：如果你們真的敢於罷黜我這樣一個有聲望的、以諍諫而名著天下的忠臣，你們必然不容於輿論；如果不敢罷黜我，那就請你們分派給我能夠實際負責的官職。
文淵閣和吏部終於向他低頭。當年夏天，海瑞被任命為應天巡撫，駐紮南京。且不說這裡是全國最富庶的地區，即使是一般地區，任命這樣一位不由進士出身的人擔任巡撫，也已屬於罕見。但是這一地區曆來號為難治，以海瑞的性格而就任斯職，有識見的人早就料到必然引起不良的後果。事實不出所料，九個月之後，他遇到參劾而被迫退休。
海瑞的新職一經發表，南直隸的很多地方官就估計到自己將會不能見容於這位古怪的上司，因而自動辭去官職。權豪之家都相互告戒不要衝撞了海大人，其中有一家大戶甚至把朱漆大門改漆黑色，以免炫人眼目而求韜光養晦。駐在南京的一個宦官把他的轎夫由八人減至四人。018舉出這些瑣事，就可以證明新巡撫大人聲勢之迅猛，足以使人震懾。
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海瑞下車伊始，就把他的“督撫條約”三十五款在所治各府縣公布。條約規定：境內成年男子一律從速結婚成家，賣淫的寡婦應限期從良，溺殺嬰孩一律停止。巡撫出巡各地，府縣官不得出城迎接，但巡撫可以接見裡老，聽取他們的控訴。巡撫在各府縣逗留，地方官供給的夥食標準為每天紋銀二錢至三錢，雞、魚、肉均可供應，但不得供應鵝及金酒。境內的公文，今後一律使用廉價紙張；過去的公文習慣上在文後都留有空白餘紙，今後也一律廢止。自條約公布之日起，境內的若乾奢侈品要嚴格禁止，包括特殊的紡織品、頭巾、紙品以及甜食。019
這些規定，有的不免失之瑣碎苛細，本來就會生問題的。而他最後的垮台，則是因為他乾預了境內的農田所有權所致。
本朝開國之初，太祖洪武皇帝使用嚴厲的手段打擊豪紳富戶，兩千年來社會的根本問題即土地問題因而得以暫時緩和。中葉以來，這一問題又趨尖銳。高利貸者利用地方上的光棍青皮大量放款於自耕農，利率極高，被迫借款者大多不能償還。一旦放款的期限已到而又無力償還，其所抵押的土地即為放款者所占有。雖然官方曾規定利率不得超過三分，而且不論借款時間之長短，利息總數不得逾本金之倍，但這種規定從來未能認真執行。與上述規定同時，官方還規定土地因不能還貸而被放款者占有，五年以上才喪失起訴資格，則五年之內，仍有以原價贖回的機會，這也就在書麵上更增加了事情的複雜性。020
海瑞之下決心改變這種狀況，不僅是出於保持法律的尊嚴，而且是為了維護道德的神聖。從他的文集中可以看出，他有限製富戶過多地占有土地、縮小貧富差別的願望。這種衝動使他一往直前，義無反顧。因此，他毫不猶豫地接受了大批要求退田的申請。
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