。他所采用的方式是用私人函件授意親信如此如此地向皇帝提出建議。這些建議送到內閣票擬，他就得以名正言順地代替皇帝作出同意的批複。080他進入文淵閣以後的第一個皇帝是一個昏庸的君主，對國事既不理解也不關心；第二個皇帝則是小孩子和他的學生。環境和才能加在一起，造成了張居正的權威。但是他還是需要小心從事。帝國的官僚政治已經發展到登峰造極，成千成萬的官僚，在維護成憲的名義下保持各方麵的平衡，掩蓋自己不可告人的私利。要公然宣布改組軍事製度，就等於邀請別人對自己攻擊。因此張居正不得不采取這種迂回的方式。反正皇帝站在他這一邊，不論別人是否識破真相，隻要舉不出違背成憲的理由，則公開的攻訐和私下的流言都可以不在話下。
薊州軍鎮的軍備改革，按照這樣的程序順利地進行。最初，戚繼光建議至少將三萬名或五萬名士兵，最好是十萬名士兵交給他訓練；081由於計劃過大，在政治上和技術上都有許多不易解決的問題，因而未能實現。但是中樞政府批準了他的另一項建議，即把他在浙江所訓練的一部分士兵調至薊州，最初員額為三千人，以後擴充為近一萬人。082張居正對戚繼光極度信任，企圖賦予他以這一軍區統籌全局的權力，所以才擬議設立“總理”的官銜，以和其他各軍區的“總兵”相區別。無奈這一官銜在本朝史無前例，各種議論就紛至遝來，乃不得已而作罷。這一計劃不能實現，張居正找出了另一種辦法，即把薊州轄境內的其他高級將領調往別鎮，以免遇事掣肘。083這時譚綸又建議該區的文官不得乾預軍事訓練，並且主張戚繼光在三年的練兵期內可以不受監察官的批評。後者顯然又為文官們製造了違反成憲的口實，引起猛烈反對。皇帝的朱筆批示接受了兵部和都察院的建議，要求監察官明白練兵的重要，責成他們“協恭和衷”，並把他們對薊州防區的巡視限為每年一次；而對譚綸和戚繼光則“稍寬以文法”，讓他們能夠施展手腳。084事實上，凡是故意和戚繼光為難的文官，後來都被張居正不動聲色地陸續遷調。085
薊州軍開始訓練，就接受了優厚的財政接濟以購買軍馬、製造火器及戰車。086這種和其他軍鎮的不平等待遇，惹來了大量的反感。接著又有一連串的矛盾跟著產生，諸如北兵和南兵的磨擦、軍職的繼承者和其他出身者的爭執、因循守舊和銳意革新的衝突。張居正了然於這些情況，在他寫給譚、戚兩個人的私人信件裡，再三叮嚀他們務必謙恭退讓，不要居功自傲。他知道“北人積憤於南兵久矣”，便提醒戚繼光對待士卒，要不分南北，一體愛護；當汪道昆巡視薊鎮時，他又叮囑戚繼光“務崇謙抑，毋自啟侮”。087有一次蒙古部隊打算犯邊，就在戰事一觸即發之際，俺答卻放棄了原來的企圖，下令掉頭北撤。這一出人意外的事件，在張居正看來完全是由於譚、戚二人部署有方，才使俺答躊躇不前；然而鄰近的兩鎮卻把功勞據為己有。張居正雖然認為這種冒功邀賞可笑而且可恥，但是他卻通知譚綸，他已經以皇帝的名義承認了這兩鎮的自我吹噓。他也不讓兵部清查事情的真相，以免糾纏爭辯。他要求譚綸在奏折中不僅不要爭功，反而要把功勞歸於其他二鎮，如此一來，“彼當嚼舌愧死矣”。088
張居正這種做法，表麵上是損己益人，具有大政治家的風度；但是仔細研究，卻仍是有陰有陽，無助於矛盾的根本解決。哪怕是譚、戚二人表現出無以複加的謙抑，各鎮之間的利害關係也絕不能因此冰消瓦解。因之內閣愈想公正平衡，旁人看來則在一明一暗之間有親有疏，偏袒更多。以後反對張居正的人認為薊州練兵是他培植私人的政治資本，也就毫不足怪了。
1577年譚綸病死，從此張居正和戚繼光的關係更為密切。第二年張居正返江陵葬父，他還生怕這短期的離職引起戚繼光的不安，所以特地私下通知戚繼光，接任薊遼總督的將是梁夢龍。信上說：“孤之此行，甚非獲已。……到家事完，即星言赴闕矣。薊事已悉托之鳴泉公，渠乃孤之門生，最厚，諒不相負。”089梁夢龍字鳴泉，在翰林院與張居正有師生之誼。他在萬曆一朝的事業，也賴張居正的提拔為多。張居正這樣傾腸相告，自然使戚繼光更加感恩戴德。是以首席大學士的江陵之行，戚繼光派出了一整連的鳥銃手、箭手作為護衛，張居正選擇了其中五六名隨行，作為象征式的儀仗，同時也表示了首輔和薊州戚帥關係之密切。茲事前後，薊州總兵官的傳騎攜帶各種文件和信件不斷來往於首輔私邸，這更使他們的反對者在日後清算張居正的時候，有所借口，甚至指斥他們圖謀不軌了。
戚繼光在薊州創造的戰術，可以稱之為“步兵軍官的各兵種協同”。要對這種戰術作出評論，必須顧及他所受到的各種條件的限製。當時，現代化的武器傳入不久，而北方士兵的素質又極不理想，他所依靠的主要力量仍然是來自南方的舊部，為數約一個旅左右。他把這一個旅的兵力作了適當的配置，並以此為全軍的核心，以防禦蒙古的十萬鐵騎突然來襲。
抗倭戰爭中使用的“鴛鴦陣”，是一種以小股步兵為主的戰術，目的在於對付海寇並適應南方的地形特點。而薊州軍鎮的任務是防禦蒙古的大部隊騎兵，因而這種在“鴛鴦陣”的基礎上發展而成的新戰術也就初具了各兵種協同作戰的規模。
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