出了一套嚴苛的刑罰製度。在這套製度中，名聲和榮譽與懲罰本身同樣重要。和中國一樣，日本人對不甚嚴重的違法行為，通常用竹板杖打犯人或處以罰金，罰金製度十分詳儘完整，罪行嚴重則判處死刑。日本人有高度發達的個人榮譽感，這對於減少社會罪大惡極的行為起了很大作用。上層社會的犯人通常有剖腹自殺的選擇權，而不用麵對使人備受羞辱的公開刑罰。對於日本人來說，死亡並不可怕，可怕的是失掉尊嚴。死於自己之手比死於他人之手更有尊嚴。對於犯了謀反罪的人，死亡難保尊嚴。“二十一刀死刑”（Death of Twenty-One Cuts）幾乎是中國淩遲刑的模仿。1865年左右，英國遊訪者理查德·吉普森描述了叛亂首領蒙吳（Mowung）所罹受的“二十一刀死刑”，我們可以與前文所述淩遲刑作比較。
不幸的蒙吳似乎擁有超人的自控力，他咬緊牙關，默默地忍受著漫長的折磨。劊子手把他臉上的肉一片片地削掉，然後是他胸脯上的肉、胳膊上的、腿上的……劊子手小心翼翼地繞過身體致命的部位，劇痛終於使蒙吳呻吟不斷，他懇求對方給他痛快一死，結束這非人的折磨。然而，凶殘的劊子手根本無動於衷，他正陶醉在折磨受害者的過程中，為自己精準高超的殺人技術暗自高興。
同樣酷烈的死刑是把犯人的身體綁在一堆乾樹枝上，然後點燃枝條，這種取悅圍觀者的死亡景象，是燒死在火刑柱上這個古老的歐洲傳統刑罰的變體。不同的是此刑為了吸引觀眾做了些改進。成千上萬的人蜂擁而來觀看“死亡舞蹈”。可憐的人在劇痛中瘋狂地亂蹦亂跳，直到活活燒死。
與中國一樣，在日本，刑訊折磨是逼迫犯人招供的慣用手段。正如中世紀的西方一樣，此方法還用於迫使證人做偽證。這種司法恐怖慣用的刑具是竹條。在中國，笞杖主要施用於輕罪犯人。日本的竹條邊緣鋒利無比，如利刃般深深切入受刑者的肌膚。鞭打會一直持續下去，直到受害者自願開口為止，或者達到150下即停，因為超過這個極限，犯人定會死於鞭下。刑訊逼供或迫使當事人做偽證的另一酷刑是“抱石刑”（Hugging the Stone），這是一個基本的刑罰，但非常酷烈。受刑者被迫跪在一堆如利刃般鋒利的碎石片上，巨大的石塊壓在他們的腿上。
另一種酷刑是吊刑（Yet Gomon），幾乎與西班牙宗教裁判所采用的一種刑罰一模一樣。將犯人雙手腕反綁身後吊起，使其在空中晃來晃去，直到肩關節脫臼。或者從一個至高點猛地將其擲下，利用犯人自身的重量使其雙臂瞬間脫臼。這種殘酷的懲罰隻能施用於謀殺、縱火、偷盜、搶劫、偽造公文或政府公章一類的罪行。
在日本悠久的曆史中，17世紀屬於司法恐怖的年代，尤其表現在迫害基督徒上。日本野蠻的宗教迫害在曆時之久以及程度之深重上都堪與西班牙宗教裁判所相比。在西班牙宗教狂熱中，大批的男人、女人和兒童被殺害。有些人先被當眾剝光衣服，赤身裸體，然後從很高的懸崖上擲入滾燙的盛滿火山熔漿的“大鍋”中。西班牙眾多的活火山口就是天然的“大鍋”。其他的基督徒四肢分別被拴在四隻牛身上，然後牛被驅趕，朝不同方向奔去，把受刑者撕扯成幾塊。1622年9月，50名基督徒在長崎同時被活活燒死，這種宗教迫害的場麵該有多麼血腥！這次集體行刑發生40年後，同一個城市又發生了可怕的迫害基督徒事件。1662年9月的恐怖場景被兩個歐洲編年史家——法國的弗朗索瓦·卡隆（Francois Caron）和荷蘭人約斯特·司格頓（Joost Schorten）——記錄下來：
字麵直譯為“千刀萬剮”，中國的淩遲恐怕是有史以來可以想象出的最痛苦、最難熬的“慢死”了。根據傳統，受刑者被綁在木架上，劊子手提著一個蒙著布的籃子登場。籃子裡裝滿了各式各樣的刀具，每一種尖刀都是為切割身體不同的部位而特製的。劊子手從布下麵隨機抽出一把刀，根據刀的類型決定要切割的部位。手指、小腿肌、乳房、大腿肌、鼻子、眼睛、嘴唇的命運，全取決於那隨手一抽了。根據不同情形，有時行刑過程可長達數個小時。顯然，那把專門為心臟而打造的刀最終要現身。此時，痛苦的煎熬終於可以畫上句號了。很有可能的是，如果囚犯家屬賄賂劊子手，那把刀會在施刑剛開始就出現。
該圖顯示了滑輪和鞭刑相結合的刑罰。犯人的雙手被細繩反綁身後，可以看出，受刑者遭受了一係列駭人的酷刑折磨。
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