除此之外，還要對於學校製定嚴格的考核製度，加強對於學校的管理，朱載坖說道：“蓋學所以扶天理，淑人心也。皇極由之而建，大化由之而運，世道由之而清。風化本源，國家政務，未有舍此而先者。或未有備，則無以維三綱五常具，示作人重道之心。”
學校是大明培養人才的場所，是乾係到天下治亂興衰的大事，大明曆代先帝，對於學校都是極為重要的，朱載坖認為：“夫天下之不治，由於士風之衰薄，而士風之衰薄，由於學術之不明。”
在太祖開國之初，即便是朝廷用度極為短缺，各地用兵不斷地情況下，太祖皇帝仍舊對於生員們予以優待，當時生員“饌米三月至十月，終日食三餐，每人日支米一升，十一月至次年二月，終日食二餐，每人每月可以領取五勺米，其餘物料，按日發放，隻有朔望時不發。”
在朝廷安定之後，更是逐步提高對於生員的待遇，以示對於教育的重視，而朱載坖即位以來，也把教育當作朝廷的大事來說，開展了所謂的隆慶興學，大規模恢複了洪武時期所設立的社學，設立各種專門學校以培養人才，同時以朝廷太倉和內帑補貼學校，儘可能的使得普通百姓的子弟能夠上學，擴大受教育的麵積。
但是於此同時，生員們的行為怪誕、放蕩也是一個比較突出的問題，所以這次朱載坖下令要對於這些生員們予以整頓，朱載坖重申太祖皇帝的詔令稱：“學校之設，所以廣教化，厚風俗，期在得人以資任用。禮部將舊學規出榜申明禁約，著國子監、府州縣學遵守。務要教養有法，學業有成，國家得其成材任用。”
學校是朝廷培養人才的地方，不是放縱各種怪誕之說的地方，尤其是王學中的禪宗一派，更是朱載坖所極為厭惡的，現在空談之風又開始在社會上彌漫開來。晚年的王陽明沉迷禪宗，在他死後，其弟子片麵發展其思想中的禪宗部分，使心學最終也走向清談空疏。隨著王學的泛濫，使得士子隻顧高談心性，誦讀語錄，背誦公案，卻不通經術，對於實際學問和現實問題置若罔聞，一味清談，誤國誤民，敗壞風氣。
同時這些生員們往往在各級學校不能認真學習，反而在地方乾預政務，或者是假借生員遊曆為名，四處遊蕩講學等事，這些都是朝廷所不能容忍的，朱載坖認為，朝廷之所以允許生員遊曆，是為了使得他們能夠增長見識，為將來更好的給朝廷出力，不是讓他們去四處流竄，聚眾講學的。
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所以朱載坖命令學部，加強對於生員的管理，製定有關生員教育、學習和遊曆等的嚴格規定，由朝廷組織生員遊曆，增長見識，同時將一些教育發達省份的生員以遊曆的形式派遣到邊疆等地區去充任教官，加強邊疆地區的教育。
朱載坖認為，朝廷厚養士子，生員被正式納入功名係列，成為科舉體製下最低一級的固定功名。將生員納入功名係列，既是科舉影響力持續擴張的結果，也是朝廷擴大統治基礎的需要。此舉將大量科舉考場的失意者也納入朝廷優撫體係，使其與朝廷形成利益共同體，有效提高了其對朝廷的凝聚力。規模龐大的生員群體構成了士紳階層的基礎，成為朝廷鞏固地方統治的重要社會力量，生員是朝廷在地方的重要統治力量，必須要予以掌握並且能夠使用。
同時除了經史之外，還要鼓勵生員們學習其他的知識，因為這些生員們的經濟條件較好，且有朝廷的保障，朱載坖在詔書中稱：“學問不問精粗，總期有濟於世，人亦不問中西，總期不違於天。茲所錄者，雖屬技藝末務，而實有益於民生日用，國家興作甚急也！”
生員們的主要任務就是學習，而不是到處去發表意見，按照國初的規定，國子監和各府州縣衛學生員每月有兩天時間可以休息，其他時間都是在會講、背書或者複講。洪武十五年製定的學規中提到：“生員一般初一日假，初二日初三日會講，初四日背書，初五日初六日複講，初七日背書，初八日會講，初九日初十日背書，十一日複講。”
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