申時行是狀元出身，首輔之尊，明確拒絕了擔任製科考官一事，就使得此事在朝廷上下感到震驚，以申時行的才學和資曆，如果真的要想謀求製科考官這一職務的話，是極為容易的，但是申時行卻選擇了直接上疏朱載坖，表明了自己的想法。
申時行的看法是很簡單的，他在奏疏中詳細列舉了自己不能擔任製科考官的原因，第一就是自己不以經義見長，而本次的製科，乃是博學宏詞科，所需要的是長於經義，博學多才的臣子，而自己常年埋頭案牘，遠離書本，學問沒有長進，不配擔任製科考官。
第二點就是要避嫌，現在大明的士子們都很清楚，一旦取中製科，那就是進入了升官的快車道，比之翰林院還要得到重用，部堂督撫都是等閒，所以製科在大明是極為受到追捧的，自己本就是首輔，如果再擔任製科考官的話，未免不被人視為在培植黨羽。
身處嫌疑之地，就更要立身持正才行，而且即便是自己不會利用擔任製科考試考官的職務之便為自己培植黨羽，但是隻要自己的考官，那麼所取中的製科考生必然會被人認為是申時行的黨羽，所以為了避嫌，申時行認為自己不能夠擔任考官。
除此之外，申時行認為首輔是輔佐天下，治理天下的，重心應當放到政務上來，而不是參與這些考試，基於這三個理由，申時行認為自己不應當擔任製科考官，對於申時行的奏疏，朱載坖予以同意，同時還賞賜申時行彩幣、酒肉和蟒衣，以示恩寵。
申時行以這種方式將很多重臣謀求擔任製科考官的道路給堵死了，同時將選拔製科考官的大權上收到朱載坖手中，朱載坖自然是要對申時行投桃報李的，申時行很清楚，自己擔任首輔時間已經不短的，即便是在隆慶朝提倡閣臣久任的情況，自己的任期也已經到了要結束的時候的，所以越是在這個時候，越是要和朱載坖搞好關係，揣摩朱載坖的心思，給皇帝留下好印象，這樣對於自己致仕之後和子孫後代都是有極大的好處的。
朱載坖這人有一個好處，就是對於有功勞的臣子，其子孫要是有能力的話，必然得到重用，即便是沒有能力，朱載坖也會安排閒職，保其富貴，這也算是朱載坖和重臣們的一種默契吧，所以申時行在朱載坖提出開製科的時候就想到了此事。
這次的製科，不同於以往，這次開設博學宏詞科的主要目的，是為了朝廷編撰經義、史學教材，對於朝廷來說，是關係到百年大計的事情，朱載坖肯定是要極為重視的，首先就是要選拔出有真才實學的人來，這點是極為重要的，隻有這樣，才能夠保證朝廷所編撰出來的教材能夠使得朝野上下都能夠滿意。
否則話，編撰出來的教材錯漏百出，那就打的不僅僅是大明朝廷的臉麵了，而是朱載坖這個皇帝的臉麵了，所以這次製科最重要的就是要選拔出優秀的人才，才能夠保證大明編撰教材的質量，這點是最重要的事情，申時行很清楚朱載坖對於此事的重視，不惜通過開設製科來為編撰教材選拔人才，是務必要辦好此事的。
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申時行認為首先要做的就是排除政治乾擾，尤其是重臣們對於此次製科的乾擾，所以申時行首先以自己開刀，明確表示自己不能參與此次製科考試，而在申時行之後，次輔王錫爵也上疏稱自己科名不如申時行，申時行尚且自認沒有能力擔任考官，那自己就更沒有可能了。
因為申時行是嘉靖四十一年的狀元，而王錫爵是嘉靖四十一年的榜眼，首輔和次輔相繼表態之後，內閣輔臣和部院重臣們也都紛紛上疏，認為不能擔任製科考官。
朱載坖收到這些奏疏之後不禁笑著對太子說道：“人皆以充任考官，司職掄才為榮，今滿朝重臣，竟皆不願充任考官，申閣老倒是幫了朕大忙啊。”
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