內閣輔臣和都禦史們就此事一上來就火藥味很重，葉向高不得不出來說道：“閣老、總憲，科道與內閣、部院，分權而製之，此祖宗之法也，總皆是為朝廷也。”
其實現在內閣和科道之間的矛盾是很明確的，就是內閣認為科道侵奪了原本屬於內閣和部院的行政權力，而科道則是認為內閣視科道為工具，利用內閣來實現黨同伐異的鬥爭。
這次關於京察大計的衝突和矛盾，其實隻不過是此事的一個極重爆發罷了，王錫爵新官上任，一改之前申時行和衷共濟的為政態度，要推動大明政治的繼續改革，同時對於其中所出現的弊端，王錫爵要大力予以整頓，所以王錫爵借由京察大計準備推行自己的計劃。
在葉向高說和此事之後，溫純等人的態度也還是軟化了，畢竟他們很清楚，王錫爵所說的確實是實情，在京師科道的權力還相對比較受限製，但是在地方，現在科道的權力已經擴張的極為厲害了。
原本按照大明舊製，巡按禦史與按察司互相糾舉的製衡格局。但是到正統十一年，吏部規定“布按司官從禦史舉劾”，巡按禦史的權力逐漸擴張。到景泰七年又下令布政司、按察司悉聽巡撫同巡按一體考察具奏罷黜，這就使得巡按禦史的權力得到了極大的擴張。
巡按禦史的權力擴張導致權力僭越，一是侵蝕地方行政權，原本布政司掌握一省的行政權，隨著巡按禦史權力興起，演變為“凡有大興革及諸事務，必請於撫按”，巡按禦史直接參與地方具體政務，架空地方行政體係。
二是滲透軍事權。地方軍事部署征剿盜賊等軍務巡按禦史都要參與謀議，甚至親自指揮。
三是架空考核權。由於巡按禦史掌握彈劾和考察大權，一些貪官汙吏為避免考核降級而向巡按禦史行賄。
這些都是現在已經確實存在的事情，都察院的這些長官們也都是十分之清楚的，所以對於王錫爵的指責，他們也無法予以反駁，而在葉向高的調停之下，王錫爵也態度加以軟化，同時勞堪也說道：“元輔欲何為，可直言也，若當行，則科道必全力支持。”
王錫爵於是就將自己的打算明白的說出來了，之前高拱、張居正所要求是省議論，王錫爵認為省議論未免有些過於霸道了，所以王錫爵並不會要求省議論，而是要求一議論。
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王錫爵說道：“言官所當核奏，部所當題複，明旨申令不啻三五，而民生卒未能安治，治效卒未能睹者，何哉？蓋其說有二：曰議論不一，曰詔令不行。斯二者非獨民生之害，且在國家矣。”
言官深入的介入了行政事務當中，必然導致朝廷行政效率的下降，這點現在已經是非常之清楚的事情了。
王錫爵接著說道：“台省之臣，職司言路，豈得不指陳時政，條奏便宜。然或有意見稍殊而行多窒礙，及言詞甚善而業已施行者，都察院即當斟酌可否，分別從違，可行則行，當止則止。今重沸其意，輒為之詞，明知其可行也，而請旨申飭，明知難行也，而下撫按再議，徒使文移旁午，郵傳紛紜，政令無常，觀聽滋惑有司勾較簿書酬應上官之不暇，而暇求民疾苦、修其職業乎？此議論不一之患也。”
對於言官們肆意妄言，乾預行政，王錫爵是極為痛恨的，他本人在科道中就沒有什麼黨羽，他也不想效法之前的高、張兩人，高拱以內閣掌吏部，權熱煊赫，其門生韓楫、宋之韓、程文、塗夢桂等並居言路，日夜走其門，專務搏擊。張居正柄政，亦是置親黨於言路，以給事中周邦傑、秦耀等為鷹犬，他們都能夠通過這種方式對於科道進行有力的控製。
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