王錫爵僅僅以刑名司法為例，就列舉了都察院對於地方司法權力的侵奪，這點是極為重要的，除了刑名之外，現在科道言官對於地方的行政事項也乾預的極為嚴重，所以王錫爵認為要保證都察院的獨立性，首先就是要限製和明確都察院的權力，將都察院的權力嚴格限製在監察權上。
王錫爵認為，權責明確是現在整個科道最應該做的事情，王錫爵的政治理想是：“一切章奏朝上夕下，悉付輔臣塚宰一一剖決，求其至當，即刻回話，則大臣不能事其模棱，小臣不得憑其胸臆，可否立定，美醜攸分，但營職業，儘可表見，何必自立異同，構茲禍亂也。”
為大明各個衙門製定明確的執掌，各個衙門都必須在朝廷的指揮下行動，這點是極為重要的，除此之外，對於監察，王錫爵認為也是很重要的，他說道：“為大吏者，以一人之耳目，而察數十百人之賢否。地遠勢隔，視聽難周。於是有托密訪於私人，采虛聲於道路。而狙詐百出，傳聞異詞。若即為定論，所謂一指當前，不見泰山者也。”
這也是對於科道的尊重，王錫爵認為科道專掌監察，其權力應該是不容侵犯的，這點即便是內閣和部院也必須予以尊重，但是同時，對於科道乾涉行政，也必須予以限製，才能夠保證朝廷部院、內閣與科道之間互相製衡，各自發揮作用。
對於王錫爵的這個看法，都禦史們和諸科掌印也表示了支持，沈一貫也趕緊出來打圓場說道：“諸位都是出於公心，所謂得君行道，我輩之夙願也，京察大計，關乎大明吏治，此不可不重也。”
沈一貫將議題重新拉回了此次事件的焦點，就是京察大計的事情，這也是科道現在最關心的事情，內閣想要乾預京察大計，這點其實在之前也並不是什麼稀奇的事情，但是科道想要知道的是，內閣準備怎麼乾預京察大計。
王錫爵也拿出了自己的奏疏，這是他準備向朱載坖上疏的條陳，請肅綱紀以整飭吏治疏，對於京察大計提出了全麵的改革意見，首先就是京察大計必須和考成相結合起來，對於朝廷來說，京察大計最重要的問題就是虛，不能就憑借言辭黜陟官員，這是王錫爵所堅持的事情，不管是升遷還是懲處，都必須要有依據才行。
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整個京察大計主要是分為兩個部分，第一就是京察，對於兩京各衙門官員的考察，這其中的重點就是科道和吏部誰來考核，他們自己就是京察大計的主要參與者，總不能夠自己監察自己吧？
之前張居正等人的做法是內閣監察科道、吏部，但是這遭到了科道和部院的強烈反對，認為這樣內閣就能夠借此機會乾預內閣，所以在科道和吏部的強烈反對之下，申時行擔任首輔的時候，改變了這一做法，實施科道互相糾劾，而內閣考察吏部的方式。
王錫爵認為，這樣仍舊是有弊端的，首先就是科道互相糾劾，實際上就是互相庇護，畢竟科道同屬監察機關，關係密切，所以對於科道的考核，由吏部完成，而吏部由科道予以考核，內閣主要是負責拾遺，對於科道、吏部考察之後的未儘適宜於是彈劾。
這樣內閣保持有限介入，同時利用這種有限介入保證科道和吏部能夠在京察大計之中不能失職，而王錫爵的重頭戲是地方的大計，大明這麼大，地方官員何其眾多，以往對於這些地方官員的大計，主要是依靠巡按禦史和地方督撫等大員們來完成的，但是王錫爵認為這樣並不客觀。
朝廷在大計中主要也是使用考語等形式予以考察的，考語在京察大計中的作用是極大的，按照朝廷的規定：“竊惟國家以官人之職責之於銓議，其甄別賢否貞邪，以行黜陟者，此考語也。”
大計考語是每逢三年大計屆期之時，地方官員的上級為其開具的治績簡評，吏部通過閱讀這類簡評來甄別官員的廉能勤惰並對相應官員作出升降決定。所以考語是極為重要的，很大程度上決定了官員的前途。
但是現在考語虛妄，是其中最要命的問題，王錫爵指出現在在京察大計之中，考語有三大弊端。
一是化實為虛。不少官員在填注考語、尤其是帶有差評性質的考語時，儘量回避討論屬下官員的具體為政情況，專門填注含糊兩可的考詞，此事溫純也是很清楚的。
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