禦前激辯的塵埃暫時落定，康熙那番看似各打五十大板、實則蘊含深意的裁決，如同一道無形的旨意，迅速在朝堂內外產生了效應。皇帝需要技術帶來的紅利，但也絕不容許它脫離掌控，威脅到舊有製度的穩定。平衡的砝碼，開始被康熙以精妙而堅定的手腕，逐一加上。
首先感受到變化的，是技術總局本身。雖然內部品階激勵製度得以保留，但來自皇帝的直接支持和資源傾斜，明顯變得更為審慎。韋小葆隨後提交的幾份關於擴大農學署試驗田範圍、在黃河沿岸擇地修建小型減水壩進行實地驗證、以及增設“礦業勘探”分署的提案，都被康熙以“茲事體大，需從長計議”或“當下應以鞏固已有成果為主”為由，暫時留中不發，或是批複“所需錢糧甚巨，著戶部議處”，而戶部的“議處”往往意味著漫長的公文往來和大幅削減的預算。
同時，康熙開始有意識地將技術總局的成果與韋小葆個人進行一定程度的剝離。在一次聽取工部關於河工事宜的彙報時，他特意強調：“治理黃河，乃朝廷首要之務，工部、地方河督衙門，亦當用心。技術總局之模型沙盤，可供參詳，然具體方略施行，仍需爾等秉持成法，謹慎為之。”這話看似肯定技術總局的作用，實則是在提醒各方，治河的主導權仍在傳統衙門手中，技術總局隻是“參謀”角色。
更微妙的是人事安排。康熙以“技術總局事務日繁，需老成持重之臣協理”為名，將一位素以謹慎、恪守禮法著稱的禮部右侍郎，調任技術總局，擔任“協理大臣”。這位侍郎到任後，雖不直接乾涉具體技術研發，卻在各項規章製度的“合規性”、與各部往來公文的“體例”、以及人員招募的“出身背景”審核上，極為較真，無形中拖慢了許多事情的進度，也讓總局內部那種自由奔放的氛圍，多少受到了一些約束。
朝堂之上，針對技術總局和韋小葆的明槍暗箭並未停歇，但康熙的處理方式也發生了變化。對於過於激烈的彈劾，他會予以申飭，維護韋小葆和技術總局的“體麵”；但對於那些指出技術總局“擴張過速”、“與民爭利”（指某些改進技術觸動了原有行會利益）等具體問題的奏章，他則會批示“著該員明白回奏”，或交由相關部院“查核”。這既是對韋小葆的一種敲打，也是向傳統勢力表明，他並非一味偏袒。
這一日，韋小葆奉召入宮，在南書房覲見。康熙沒有像往常一樣詢問具體技術進展，而是聊起了經史。
“小葆啊，”康熙放下手中的《資治通鑒》，語氣平和，“可知王安石變法為何失敗？”
韋小葆心中一動，知道這才是今日召見的主題。他躬身答道：“回皇上，臣淺見，或因其求治太急，更張無漸，且所用非人，未能因勢利導，故阻力重重，終至夭折。”
“嗯，”康熙點了點頭，目光深邃地看著他，“‘求治太急，更張無漸’，此言切中要害。治國如同烹小鮮，火候不到，翻動過頻，則魚碎矣。舊製沿襲千年，自有其存在的道理，維係著天下億兆生靈的安穩。驟然大變，非但無功，反易生禍亂。即便是有利國利民的新法，也需如春雨潤物，潛移默化，方是長久之計。”
他頓了頓，意有所指地繼續說道：“技術總局如今頗有些樹大招風。朕知你一心為公，銳意進取。然，木秀於林，風必摧之。有些事，緩一緩，穩一穩，未必是壞事。多聽聽不同的聲音，多想想各方的難處，步子邁得紮實些，根基才能打得牢靠。朕對你寄予厚望，不希望你成為第二個王安石。”
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這番話，既是關懷，更是警告。康熙明確地告訴韋小葆，他支持改革，但必須在可控的範圍內，以不劇烈衝擊現有秩序為前提。改革的步伐，必須放緩。
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