養心殿的徹夜密議之後，韋小葆並未立即在朝會上拋出自己的主張。他知道，如此打破常規的方略，若無充分鋪墊和精心包裝，隻會被視為荒誕不經的奇談怪論。他需要時間沉澱思路，更需要一份能清晰闡述其理念、並具備相當操作細節的正式奏章。
接下來的幾日，韋小葆閉門謝客，將自己關在書房。他鋪開宣紙，手持兼毫，時而凝神思索，時而奮筆疾書。腦海中，前世所知的那些關於地緣政治、經濟一體化、文化認同、心理戰等零散知識，與當下台灣的具體情勢、大清的國力現狀以及這個時代的認知局限，不斷碰撞、融合。他要做的，是提煉出一套這個時代的人能夠理解、康熙能夠接受，同時又儘可能接近現代統合策略的“三管齊下”方略。
數日後，一份題為《陳台灣善後並永久安輯方略事》的萬言奏折，被鄭重地呈遞到了通政使司，最終擺在了康熙的禦案上。這份奏折，立刻在早已因台灣問題而暗流湧動的朝堂上，引發了比之前技術總局爭議更為劇烈的震動。
奏折的開篇，韋小葆並未直接提出具體策略，而是首先深刻剖析了台灣問題的獨特性和複雜性。他指出，台灣孤懸海外，鄭氏經營數代，水師尚存實力，兼有海峽天險，單純武力征服，代價巨大，且“恐傷及島上無辜黎庶，有違皇上好生之德”；而若僅靠招撫，則“彼必恃險要價，或陽奉陰違，難以根除後患，恐遺子孫之憂”。他明確提出，台灣問題的最終解決，必須達到“疆土歸一，政令通達，民心悅服”三大目標。
接著，他筆鋒一轉，正式提出了那驚世駭俗的“三管齊下”之策：
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其一，經濟開放，利導融合。
韋小葆認為，鄭氏集團之所以能頑抗，經濟封鎖雖是原因之一，但也使其內部更加封閉，民眾生計困苦，反而容易為上層裹挾。他主張，在保持軍事壓力的同時，有限度、有管理地開放對台通商。選擇福建廈門、泉州等港口，設立“特許商埠”，允許經過審核的大陸商船，運送台灣急需的糧食、布匹、鐵器、藥材等民用物資入台，同時收購台灣的蔗糖、鹿皮、硫磺等土產。
“此非資敵，實為釜底抽薪之策。”他在奏折中詳細闡述其用意，“一則可緩解島上民生困苦，使普通百姓得沐皇恩，漸消敵意；二則可利用經濟紐帶，使台灣經濟逐步與大陸融為一體，使其認識到脫離大陸則生計難以為繼；三則可借此渠道，派遣精乾人員以商賈身份潛入，搜集情報，接觸島上不滿鄭氏統治的士紳百姓，暗中運作，分化瓦解其統治基礎。通商之利，朝廷可課以關稅，充盈國庫，實為一舉數得。”
其二，文化認同，宣揚王道。
韋小葆尖銳地指出，多年隔絕，使得島上年輕一代對大陸缺乏認同，容易被“明鄭正統”等說辭蠱惑。他建議，利用通商、漁民往來、乃至秘密渠道，大規模向台灣輸送大陸的書籍、曆法、戲曲唱本、醫藥方劑。內容不僅限於儒家經典，更應包括介紹大陸風土人情、物產豐饒、皇帝勤政愛民、百姓安居樂業的通俗讀物。
“攻心為上，攻城為下。”他寫道，“需讓台灣軍民知曉，天朝並非洪水猛獸，乃是禮儀之邦，皇上乃天下共主，仁德布於四海。使其心向往之，則鄭氏割據之根基自潰。可暗中資助島上心向朝廷的士人辦學講學，傳播聲教。待時機成熟，甚至可準許台灣士子參加福建科舉，給予出身，使其精英有晉身之階，自然歸心。”
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