，用之所趨異也。”他選擇了宮刑，選擇用“苟活”的方式，完成未竟的事業。
天漢三年（公元前98年），司馬遷出獄，被任命為中書令。這個職位掌管宮廷文書，通常由宦官擔任，對他而言，又是一次公開的羞辱。但他已將個人榮辱拋諸腦後，全身心投入到《史記》的撰寫中，他在《報任安書》中說：“仆誠以著此書，藏之名山，傳之其人，通邑大都，則仆償前辱之責，雖萬被戮，豈有悔哉！”
出獄後的十年間，司馬遷埋首書案，日夜筆耕。他整理皇家藏書閣的典籍，結合早年漫遊搜集的民間傳說、實地見聞，以及對曆史事件的細致考證，日以繼夜地撰寫《史記》。
《史記》最初名為《太史公書》，全書一百三十篇，五十二萬六千五百字，分為本紀、世家、列傳、表、書五部分：本紀記帝王事跡，世家述諸侯與重要家族，列傳記各類代表人物，表梳理曆史年表，書記述天文、曆法、禮樂、經濟等製度。這種紀傳體體例，是司馬遷的首創，能更全麵地展現曆史全貌。
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撰寫過程中，他堅持記錄曆史真相。寫劉邦，既記他推翻秦朝、建立漢朝的功績，也記他市井氣的一麵；寫項羽，既讚他“力拔山兮氣蓋世”的英雄氣概，也如實記錄他剛愎自用、兵敗自刎的結局。他筆下的“鴻門宴”，項羽的優柔寡斷、劉邦的機警隱忍、張良的運籌帷幄、樊噲的勇猛豪爽，一個個鮮活的人物躍然紙上；“荊軻刺秦王”中，“風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不複還”的悲壯，至今讀來仍令人動容。
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