告。胡亥聽說扶蘇已死，就想釋放蒙恬。正好蒙毅為秦始皇外出祭祀山川回來。趙高對胡亥說：“先帝早就想選賢能立您為太子，蒙毅卻進諫說不行，不如殺了他！”於是把蒙毅囚禁在代地。然後他們從井陘抵達九原。當時正值暑天，轀涼車裡的屍體發臭，趙高就下令隨從官員在車上裝一石鮑魚，用魚腥味掩蓋屍體的臭味。車隊從直道回到鹹陽，才宣布秦始皇的死訊。太子胡亥繼承皇位。
公元前209年九月，秦始皇被安葬在驪山陵墓。陵墓深挖到泉水之下，用金屬溶液灌注加固，裡麵藏滿了各種奇珍異寶。秦始皇還命工匠製作機關弩箭，一旦有人靠近，就會觸發機關射箭。陵墓中用水銀模擬百川、江河、大海，通過機關使其流動。頂部繪製天文星象，底部塑有地理山川。後宮中沒有子女的妃嬪，都被下令殉葬。下葬完成後，有人說工匠製造機關藏物，對裡麵的情況都很清楚，一旦陵墓封閉，消息就可能泄露。於是等秦始皇下葬的事情結束後，墓門關閉，工匠們也都被封死在墓中。
秦二世胡亥想殺掉蒙恬兄弟。秦二世兄長的兒子子嬰勸諫說：“趙王遷殺了李牧，任用顏聚；齊王建殺了本國世代的忠臣，任用後勝，最終都導致國家滅亡。蒙氏兄弟是秦國的大臣謀士，陛下卻想一下子拋棄他們。誅殺忠臣，任用沒有節操品行的人，這會讓朝廷內部群臣互不信任，在外也會讓將士們離心離德。”但秦二世不聽，還是殺了蒙毅和內史蒙恬。蒙恬說：“從我祖輩到子孫，三代人在秦國積累功勞、建立信譽。如今我率領三十多萬大軍，雖然被囚禁，但憑借我的勢力足以反叛。然而我知道自己必死卻堅守道義，是不敢辜負先人的教導，也是不敢忘記先帝的恩德。”說完就服毒自殺了。
揚雄在《法言》中說：有人問：“蒙恬忠誠卻被殺，忠誠還有什麼用呢？”回答是：“開山填穀，從臨洮到遼水修築長城，耗儘民力，造成無數人死亡，這樣的人不足以稱為忠臣。”
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司馬光評論道：秦始皇正荼毒天下，蒙恬為他效力，可見蒙恬既不仁愛也不明事理。然而蒙恬明白做臣子的道義，雖然無罪被殺，卻能至死堅守，不生二心，這一點還是值得稱讚的。
秦二世皇帝元年（公元前209年），冬天十月戊寅日，秦二世實行大赦。
春天，秦二世向東巡視各郡縣，李斯隨行。他們到達碣石，沿著海岸向南走到會稽，將秦始皇所立的石碑都重新刻字，旁邊刻上隨從大臣的名字，以此彰顯先帝的豐功偉績，然後返回。
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