建武六年（公元30年）
正月丙辰日，劉秀把自己的家鄉舂陵鄉改為章陵縣，讓這裡的百姓世世代代不用服徭役，待遇和漢高祖劉邦家鄉豐邑、沛縣一樣。
吳漢等人成功攻下朐縣，斬殺了董憲和龐萌，長江、淮河以及崤山以東地區全部平定。將領們回到京城，劉秀擺下慶功宴，賞賜大家。
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劉秀打了這麼多年仗，實在是厭倦了。再加上隗囂把兒子送到洛陽做人質，公孫述又遠在西南邊陲，一時半會兒威脅不大，就對手下將領們說：“先把這兩個人的事放一放吧。”於是讓將領們在洛陽休整，把部分士兵安置在河內，還多次寫信給隗囂和公孫述，跟他們說明歸順和對抗的不同下場。
公孫述多次給劉秀這邊送信，說自己有各種祥瑞征兆，是天命所歸，想迷惑眾人。劉秀給他回信說：“圖讖裡說的公孫，指的是漢宣帝。說取代漢朝的人姓當塗，名高，難道你就是那個當塗高嗎？你還把手掌上的紋路當作祥瑞，王莽那一套有什麼好效仿的！你也不是我認定的亂臣賊子，不過是天下大亂時，大家都想趁機成就一番事業罷了。你年紀不小了，妻兒又弱小，應該早點為將來打算。天下至高無上的皇位，不是靠武力就能爭奪到的，你好好想想吧！”劉秀最後還故意在信上稱他“公孫皇帝”。公孫述收到信，根本沒搭理劉秀。
公孫述的騎都尉、平陵人荊邯勸他說：“漢高祖從行伍中崛起，好幾次被打得丟盔棄甲、身陷困境，但每次失敗後都能重新振作，傷口好了接著再戰。為什麼呢？因為勇往直前爭取成功，總比退縮等待滅亡強！隗囂趕上好時機，占據雍州，兵強馬壯，人心歸附，威名遠揚到崤山以東。可他在更始帝政權混亂、天下動蕩的時候，沒有抓住機會趁勝爭奪天下，反而想效仿周文王，尊崇儒學，結交名士，放下武器，低聲下氣地侍奉漢朝，還以為自己就是周文王再世！現在漢帝沒了關隴地區的後顧之憂，專心向東討伐，已經占據了天下的四分之三；要是再派使者去招撫那些心懷二心的人，讓西州的豪傑都歸附漢朝，就能占據天下的五分之四；要是漢軍攻打天水，隗囂的軍隊肯定崩潰，天水一丟，漢朝就能控製天下的九分之八。陛下您憑借梁州這塊地盤，既要供養皇室，又要供應軍隊，百姓困苦不堪，早晚會像王莽時期那樣，內部出現叛亂！依我看，應該趁著天下人對您還有期望，豪傑還能被招納，趕緊出動國內精兵。讓田戎占據江陵，扼守長江與南方各地交彙的要地，憑借巫山的險峻地勢，修築營壘堅守，再發布檄文號召吳、楚之地響應，長沙以南地區肯定望風而降。派延岑從漢中出兵，平定三輔地區，天水、隴西就會不戰自降。這樣一來，天下震動，說不定能有大收獲。”公孫述拿這番話詢問群臣意見，博士吳柱反對說：“當年周武王伐紂，八百諸侯不約而同支持他，他還按兵不動等待天命。從沒聽說過沒有得力幫手，就貿然出兵千裡之外的。”荊邯反駁道：“現在東邊的劉秀雖然根基不深，但帶著一群臨時拚湊的軍隊，卻能一路攻城略地，戰無不勝。不趕緊趁現在和他一爭高下，反而空談周武王的做法，這不是又要重蹈隗囂的覆轍嗎？”公孫述覺得荊邯說得有道理，打算征調所有北軍將士和從崤山以東招募的客兵，讓延岑、田戎兵分兩路，和漢中的將領們會合。但蜀地的官員和公孫述的弟弟公孫光都認為，不該傾全國之力到千裡之外冒險，把成敗押在一次行動上，極力勸阻，公孫述隻好作罷。延岑、田戎也多次請求帶兵立功，公孫述卻一直心存疑慮，不肯答應，在他手下，隻有公孫氏族人能得到重用。公孫述還廢除銅錢，改用鐵錢，結果貨幣流通不起來，百姓怨聲載道。他處理政務喜歡在小事上較真，跟他當初當清水縣令時一個樣，還總愛更改郡縣的官名。公孫述年輕時做過郎官，熟悉漢朝舊製，出行都仿照漢朝皇帝的儀仗，又是鸞旗，又是旄騎。他還封兩個兒子為王，把犍為、廣漢的好幾個縣作為他們的封邑。有人勸他：“現在勝負還沒定，將士們在外麵吃苦打仗，您卻先封兒子為王，這顯得您沒有大誌向啊！”公孫述根本不聽，從此大臣們對他都有了怨言。
馮異從長安來京城朝見劉秀，劉秀對大臣們說：“這是我起兵時的主簿，幫我披荊斬棘，平定了關中。”朝見結束後，劉秀賞賜給馮異珍寶、錢財和布帛，還下詔書說：“當年在蕪蔞亭給我送來豆粥，在滹沱河給我送來麥飯，這份恩情我一直沒報答。”馮異磕頭謝恩說：“我聽說管仲對齊桓公說：‘希望您不要忘記我用箭射您衣帶鉤的事，我也不會忘記被關在囚車裡的事。’齊國正是因為君臣相互銘記，才得以強大。我也希望陛下不要忘記在河北時的艱難，我也不敢忘記陛下在巾車鄉對我的恩情。”馮異在京城待了十多天，劉秀讓他帶著妻子兒女回關中。
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