公元前41年春季二月，馮奉世返回京師，隨後就被任命為左將軍，並賜予了關內侯的爵位。
秋季七月，朝廷任命平恩侯許嘉擔任大司馬、車騎將軍，朝中有人就是好，啥功不立，就能被封侯。
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十一月份，國家在發生地震的同時還下起了瓢潑大雨，這天災真是不斷呀。為了解決因為國家財政不足以及百姓賦稅減免過多引起的無法承擔朝廷內外徭役的問題，朝廷決定恢複鹽鐵官製度，並設立博士弟子一千人。
公元前40年的春季二月，元帝又下令大赦天下。
過了幾天，天空又出現了日食現象。元帝就召見此前預言日食的周堪、張猛等人，並對他們進行了一番責備，他們隻能連忙叩頭謝罪。罵完了之後，元帝又下詔稱讚周堪的品德，還將他征召到自己臨時駐蹕之處，並任命他為光祿大夫，俸祿為中二千石，同時讓他掌管尚書事務；張猛則被任命為太中大夫、給事中。然而，當時的中書令石顯實際上是在掌控尚書事務，尚書部門的五名官員都是他的黨羽。這就使得周堪就很難直接見到元帝，彙報事情還的通過石顯，這就使得石顯掌握了事情的決策權。後來，周堪就因為生病，說不出來話了，沒多久就去世了。周堪死了之後，石顯就開始誣陷張猛，最終逼得他在公車官署自殺身亡。
秋季七月，朝廷就廢除了昭靈後、武哀王、昭哀後、衛思後、戾太子、戾後的陵園祭祀活動，隻留下了幾個官吏和士卒負責看守。
冬季十月，朝廷又下詔廢除各郡國的祖宗廟。各陵園歸屬三輔（治理京畿地區的三位官員及其管轄地區）管理。此外，元帝還將渭城壽陵亭部原上選為了自己的陵墓所在地，同時下詔陵墓所在地不再設置縣邑，也不遷徙郡國的百姓到此處居住。
公元前39年十二月，朝廷根據韋玄成等人的建議，直接毀掉了太上皇以及孝惠皇帝的寢廟園。
元帝非常喜愛儒術和文學辭章，又對宣帝時期的很多政策都做了改動。這樣一來，給朝廷提建議的人大多能得到皇上的召見，大家都以為自己得到了皇上的賞識。元帝很寵愛傅昭儀和她的兒子濟陽王劉康，寵愛程度甚至超過了皇後和太子。看到這情況，太子少傅匡衡就上奏疏說：我聽說，國家治亂安危的關鍵就在於君王會謹慎的處理朝中事務。接受天命登基的君王，一定要開創基業，讓江山世代傳承；繼位的君王，則應當繼承和發揚先王的德行，將他們的功業發揚光大。過去周成王繼位後，就開始思考如何繼承文王和武王的道統，把偉大的功業歸功於文王和武王，卻不敢獨自居功，所以上天對他是欣然庇佑，就連鬼神也護佑他。如今陛下的聖德如同上天愛護百姓一樣，讓人讚不絕口，但現在卻出現了陰陽失調，奸邪之人禍亂朝政的事情，這或許是因為議論政事的人沒有弘揚先帝的偉大功業，反而爭先恐後的批評現有製度的弊端，一心想要變更。結果變更後卻發現無法施行，隻能再次恢複舊製度，這就導致群臣之間相互指責，官吏百姓也不知該如何是好。我私下裡為國家放棄已經成熟的製度感到可惜，希望陛下能夠仔細考慮治國大業，留意遵循合理的製度、弘揚先帝的功業，以此來安定群臣百姓的心。《大雅》中說：不要忘記你的祖先，修習他們的德行，這是最高尚品德的根本。《傳》中說：要是能審慎的對待自己的喜好和厭惡，同時理順自己的情性，這樣王道就能完備了。修養性情的方法，就是要審視自己的長處，彌補自己的不足之處。聰明通達的人要警惕自己的行為是否過於苛察，見識少的人要警惕自己的思路是否閉塞，勇猛剛強的人要警惕自己的脾氣是否過於暴躁，仁愛溫良的人要警惕自己的性格是否優柔寡斷，沉靜安舒的人要警惕自己做事是否拖延，心胸寬廣的人要警惕自己是否健忘。作為人必須要清楚自己需要警惕的地方，並用‘義’來規範自己的行為，這樣才能實現中和的教化，而那些投機取巧的人就不敢結黨營私來謀求晉升了。希望陛下對臣說的這些提高警惕，以弘揚聖德！
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