取司州、雍州，恰逢收到詔書，於是任命韓範為都督八郡軍事、燕郡太守，封融為勃海太守，檀韶為琅邪太守；二月二十六（戊申），率領軍隊返回。檀韶是檀祗的兄長。過了很久，劉穆之誣告韓範、封融謀反，把他們都殺了。
安成忠肅公何無忌從尋陽率領軍隊抵禦盧循。長史鄧潛之勸諫說：“國家的安危，就在這一戰。聽說盧循的戰船眾多，勢力處於上遊，應當挖開南塘的堤壩，堅守豫章、尋陽兩座城池等待他們，他們一定不敢繞過我們遠道東下。我們養精蓄銳，等他們疲憊不堪後再出擊，這是萬無一失的計策。現在把成敗寄托在一戰上，萬一失利，後悔就來不及了！”參軍殷闡說：“盧循率領的部眾都是三吳地區的舊賊，身經百戰仍有勇氣，始興的溪族士兵，身手敏捷、善於戰鬥，不能輕視。將軍應當留駐豫章，向所屬城池征兵，等兵力集中後再交戰，還不算晚。如果用現在的兵力輕率進軍，恐怕一定會後悔。”何無忌不聽。三月二十（壬申），何無忌與徐道覆在豫章相遇，叛軍命令數百名強弩手登上西岸的小山攔擊晉軍。恰逢西風猛烈，把何無忌乘坐的小船吹向東岸，叛軍趁機用大戰船逼近，晉軍隨即潰散。何無忌厲聲喊道：“拿我的蘇武節來！”符節送到後，他手持符節督戰。叛軍士兵雲集，何無忌言辭神色毫無屈服，最終握著符節戰死。於是朝廷內外震驚恐懼，大臣們商議想護送皇帝向北逃跑，投靠劉裕；不久得知叛軍還沒到建康，才停止這一計劃。
這時，西秦王乞伏乾歸攻打後秦的金城郡，攻克了該城。
夏王劉勃勃派遣尚書金纂攻打平涼。後秦王姚興率軍救援平涼，進攻金纂，將他殺死。劉勃勃又派遣侄子、左將軍羅提攻克定陽，活埋後秦將士四千多人。後秦將領曹熾、曹雲、王肆佛等人各自率領數千人逃往內地，姚興把他們安置在湟山和陳倉。劉勃勃侵犯隴右，攻破白崖堡，隨後進逼清水，略陽太守姚壽都棄城逃跑，劉勃勃把清水的一萬六千戶百姓遷徙到大城。姚興從安定出發追擊劉勃勃，追到壽渠川，沒能追上，隻好返回。
起初，南涼王禿發傉檀派遣左將軍枯木等人討伐沮渠蒙遜，劫掠臨鬆一千多戶百姓後返回。沮渠蒙遜討伐南涼，抵達顯美，遷徙數千戶百姓後離去。南涼太尉俱延再次討伐沮渠蒙遜，結果大敗而回。這個月，禿發傉檀親自率領五萬騎兵討伐沮渠蒙遜，雙方在窮泉交戰，禿發傉檀大敗，獨自騎馬逃回。沮渠蒙遜乘勝進軍包圍姑臧，姑臧百姓因王鐘被誅殺的事（此前王鐘等人謀降後秦，被禿發傉檀處死），都驚慌潰散，一萬多戶夷族、漢族百姓投降沮渠蒙遜。禿發傉檀恐懼，連忙派遣司隸校尉敬歸和兒子禿發佗到沮渠蒙遜那裡做人質，請求講和，沮渠蒙遜同意了。敬歸走到胡坑時，趁機逃回，禿發佗被追兵抓獲，沮渠蒙遜遷徙南涼八千多戶百姓後離去。南涼右衛將軍折掘奇鎮占據石驢山反叛。禿發傉檀既害怕沮渠蒙遜的逼迫，又擔心嶺南被折掘奇鎮占據，於是遷都到樂都，留下大司農成公緒鎮守姑臧。禿發傉檀剛出城，魏安人侯諶等人就關閉城門作亂，聚集三千多家百姓，占據姑臧南城，推舉焦朗為大都督、龍驤大將軍，侯諶自稱涼州刺史，向沮渠蒙遜投降。
此時，劉裕抵達下邳，用船裝載軍用物資，親自率領精銳部隊步行返回。到達山陽時，聽說何無忌戰敗身亡，擔心京城失守，便脫下鎧甲，加速行軍，與數十人趕到淮河岸邊，向路人詢問朝廷的消息，路人說：“叛軍還沒到，劉公如果回來，就沒什麼可擔心的了。”劉裕大喜。準備渡江時，風勢猛烈，眾人都認為難以渡江。劉裕說：“如果上天幫助國家，風就會自行停止；如果不是這樣，淹死又有什麼可怕的！”當即下令上船，船剛開動，風就停了。渡過長江後，抵達京口，眾人這才安心。夏季，四月初二（癸未），劉裕到達建康。他因江州失陷，便上奏表請求交回印綬，朝廷下詔不同意。
青州刺史諸葛長民、兗州刺史劉籓、並州刺史劉道憐各自率領軍隊入京保衛建康。劉籓是兗州刺史劉毅的堂弟。劉毅聽說盧循侵犯，準備率軍抵禦，卻突然生病；病愈後，準備出發。劉裕給劉毅寫信說：“我過去多次攻打妖賊，熟悉他們的戰術變化。叛軍剛獲得勝利，勢頭不可輕視。現在我修整戰船即將完成，準備和你一同進軍。平定叛軍後，上遊地區的重任，都交給你。”又派遣劉籓前去勸止他。劉毅發怒，對劉籓說：“過去隻是因為一時的功勞推舉他，你就真的認為我比不上劉裕嗎！”說著，就把信扔在地上，率領兩萬水軍從姑孰出發。
盧循剛開始入侵時，派徐道覆進攻尋陽，自己率軍攻打湘中各郡。荊州刺史劉道規派遣軍隊迎戰，在長沙戰敗。盧循進軍到巴陵，準備攻打江陵。徐道覆聽說劉毅即將到來，便派人火速告訴盧循：“劉毅的軍隊兵力強盛，成敗的關鍵就在這一戰，應當集中兵力摧毀他。如果這一戰勝利，江陵就不值得擔心了。”盧循當天從巴陵出發，與徐道覆合兵東下。五月初七（戊午），劉毅與盧循在桑落洲交戰，劉毅的軍隊大敗，他放棄戰船，率領數百人步行逃跑，其餘部眾都被盧循俘虜，丟棄的軍用物資堆積如山。
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