就在洪承疇的主力在吐魯番盆地擊潰準噶爾鐵騎，聲威震動天山南北的同時，一支如同從地獄中鑽出的軍隊，出現在了葉爾羌汗國最意想不到的方向——其東部腹地。
由暗衛四大統領李偉軍、李二雄、李衛華、周雄率領的“青海商隊”奇襲部隊，曆經數月艱難跋涉，穿越了被視為天塹的阿爾金山隘口，如同神兵天降，突然出現在且末、若羌一帶的綠洲！
這支隊伍早已褪去商旅偽裝，亮出了鋒利的獠牙。他們雖然人數不過數千，但極其精悍，裝備精良，更攜帶著可快速拆裝的輕型火炮和大量燧發槍。他們的出現，徹底打亂了葉爾羌汗國的防禦部署。
葉爾羌東部各城的守軍兵力薄弱，猝不及防。在暗衛精準的斬首行動和迅猛的突擊下，且末守將開城投降，若羌望風歸附。
奇襲部隊以雷霆之勢，沿著車爾臣河快速西進，兵鋒直指葉爾羌汗國的東部門戶——精絕、扜泥等城。
一時間，葉爾羌汗國東部謠言四起，風聲鶴唳，通往汗國首都葉爾羌城（莎車）的東線大門，已然洞開！
幾乎在同一時間，洪承疇在穩定吐魯番地區後，親率明軍主力，浩浩蕩蕩沿天山南麓西進。大軍並未強攻堅城，而是采取“攻城為下，攻心為上”的策略。
明軍首先兵臨庫車。
洪承疇遣使入城，遞交《諭庫車諸官民檄》，宣布：“王師此來，隻為討伐逆酋，恢複漢唐舊疆。順者秋毫無犯，官複原職；逆者城破之日，玉石俱焚！”
庫車城主阿奇木伯克本就與葉爾羌大汗有隙，又懾於明軍兵威，在象征性抵抗一天後，便開城歸降。洪承疇踐行諾言，厚待降官，庫車安然無恙。
消息傳開，產生連鎖反應。
阿克蘇、烏什等城紛紛效仿，或降或走。
明軍主力幾乎兵不血刃，連下數城，兵鋒直指葉爾羌汗國的心臟地帶。
洪承疇每下一城，便張貼安民告示，廢除葉爾羌的苛捐雜稅，任用本地望族協助管理，秩序井然。
此時，葉爾羌汗國首都葉爾羌城內，已是一片末日景象。東有奇兵深入腹地，北有主力大軍壓境，敗報頻傳。
大汗阿卜杜拉（史實人物，時任葉爾羌汗）又驚又怒，意圖集結最後兵力，與明軍決一死戰。
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然而，以他的弟弟伊思瑪業勒（史實人物，後繼位為汗）為首的主和派（主要由部分地方伯克、和卓宗教勢力及商人集團組成），勢力迅速抬頭。
主和派看得非常清楚：明軍戰力恐怖，絕非己方能敵；且明軍對待歸順者政策寬大，抵抗隻有死路一條。
更重要的是，明軍承諾保護商路，這對於掌控絲綢之路貿易的和卓和商人集團來說，具有致命的吸引力。
相反，大汗阿卜杜拉的頑固，隻會將整個汗國拖入深淵。
一場宮廷政變在暗流中醞釀。
暗衛的滲透在此刻發揮了關鍵作用。
李衛華喬裝潛入葉爾羌城，秘密會見了伊思瑪業勒和主和派首領，出示了洪承疇的密信和崇禎皇帝的詔書（許以高官厚祿，承認其宗教地位），堅定了他們政變的決心。
崇禎八年正月，在一個寒冷的夜晚，伊思瑪業勒聯合宮廷衛隊發動政變，軟禁了大汗阿卜杜拉。
次日清晨，葉爾羌城頭升起了白旗。伊思瑪業勒派出使者，攜帶降表、戶籍圖冊和城門鑰匙，前往城外的明軍大營乞降。
洪承疇率明軍主力，舉行了盛大的入城儀式。
大軍軍容整肅，秋毫無犯，緩緩開入這座中亞曆史名城。
在葉爾羌汗宮前，伊思瑪業勒率文武百官，跪迎大明欽差。
洪承疇代表崇禎皇帝，接受了投降，並宣布：
葉爾羌汗國滅亡，其原有疆域並入大明版圖。
設立“大明西域都護府”於葉爾羌城，洪承疇兼任首任都護。
冊封伊思瑪業勒為“大明歸義侯、西域都護府副都護”，協助管理地方事務。
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