。永昌太醫署傾巢而出，仍杯水車薪。深入疫區的醫官，接連有人染病倒下，士氣受挫。從林邑購回的草藥，雖對退熱有效，然數量有限，且對重症療效不佳。北疆軍中，疫情因聚集而更難控製，薑維來信，言將士雖知朝廷儘力，然病痛折磨下，士氣低迷。
更嚴峻的考驗來自牂柯郡。深山一處與世隔絕的夷部，因恐懼疫情和漢官的隔離措施，在其酋長鼓動下，竟圍攻了派去的醫官小隊，聲稱漢人帶來了瘟疫，衝突一觸即發。
麵對危局，諸葛瞻展現出極大的堅韌與智慧。他親自前往病情較輕但氣氛緊張的永昌醫寮視察，慰問醫官與病患，下令優先保障他們的飲食藥物，並重賞有功醫者。同時，他做出關鍵決策：
一、急令與夷部關係較好的牂柯郡守，攜帶鹽、布等禮物，親自前往調解，解釋隔離是為防疫，並派通曉夷語的醫官協助他們用土法防治，成功化解了衝突，夷人反而獻出幾種當地有效的草藥。
二、采納一位老醫官建議，大量熬製具有清熱解毒功效的普通草藥（如車前草、蒲公英等）湯劑，免費發放，雖不能根治，但起到了安慰劑作用和基礎預防效果，一定程度上穩定了民心。
三、八百裡加急傳書薑維，肯定其隔離措施，告知朝廷已儘全力，鼓勵軍中將士互助，並將幾位在治療軍中時疫略有心得的老軍醫經驗總結，快馬送至北疆。
在舉國上下近兩個月的艱難努力下，至章武十年（公元271年）春，隨著天氣轉暖及防控措施見效，疫情終於漸漸平息。北疆軍營疫情得到控製，戰鬥力逐步恢複；牂柯、永昌的“醫寮”病患日漸減少，社會秩序回歸正常。
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此次大疫，南中軍民死傷頗眾，尤其是北疆將士，非戰鬥減員嚴重，代價慘重。然而，在應對過程中，初步建立的應急醫療體係、積累的防疫經驗、以及朝廷在災難麵前展現出的不棄民的“仁心”，極大地增強了政權的凝聚力。百姓談及此次疫病，雖心有餘悸，然對官府最終的控製努力和撫恤政策，多有稱道。尤其是諸葛瞻力主推行的“醫寮”隔離和撫恤製度，被證明是遏製疫情的關鍵。
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