作、鐵作、油撚、帆布、索纜等七大主作坊與十三小作坊，分工明確，協同作業。
除此之外，還另設誌船（設計）、斂財（物資供應）、考衷（預算核算）、孚革（質量驗收）等職能部門，實現全流程閉環管理。
寶船廠的人員管理同樣采用廂甲製，工匠來自江蘇、江西、浙江等六省，編為四廂十甲，每甲設甲長，層層負責。從進料到成品，每道工序均有檔案記錄，確保責任可追溯，杜絕貪腐與浪費。
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張永等人視察完寶船廠後，對兵部的管理非常滿意。陳遠文想起弘治年間長期擔任兵部尚書的馬文升，他以清廉剛正著稱，與王恕、劉大夏並稱“弘治三君子”，不禁感歎道：果然盛名之下無虛士。
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