工部虞衡清吏司主事王啟年的突然核查，果然來者不善。他拿著賬冊，對製造局的物料支用吹毛求疵，尤其對采購精鋼、銅料以及支付給熟練工匠的“倍餉”頗有微詞，言語間暗指沈驚鴻“年少不經事，恐有虛耗公帑之嫌”。
麵對王主事的刁難，沈驚鴻並未慌張。他早已料到會有此一著，平日裡便讓蘇卿卿將賬目整理得清晰無比，每一筆物料的來源、用途、損耗，乃至與市價的對比，都記錄得明明白白。他命人抬出厚厚的賬冊存根，又請王主事親自去庫房查驗實物存量。
“王大人，”沈驚鴻語氣平和，卻帶著不容置疑的底氣，“製造局所用物料，皆由太子殿下特旨，工部、戶部協同調撥，價格、數量均有案可稽。至於工匠倍餉，乃是因其技藝要求遠超尋常匠戶，且日夜趕工，有功則賞，方能保證雷霆銃之質量與進度。若按舊例支給尋常工食銀，恐難有今日之效。大人若覺不妥，下官可即刻將詳細賬目及用工章程呈送東宮及工部堂官審議。”
他搬出太子和工部高層，又擺出事實數據，王啟年頓時氣焰矮了半截。他本受某些不願見新軍順利建成之人暗示，前來尋釁，沒想到沈驚鴻年紀雖小，處事卻如此老練，賬目更是滴水不漏。若真鬨到太子麵前，他絕對討不了好。隻得訕訕地說了幾句“職責所在，不得不察”的場麵話，灰溜溜地走了。
這場小風波雖未掀起大浪，卻給沈驚鴻提了個醒：僅僅埋頭做事是不夠的，必須儘快在科舉正途上取得更進一步的功名，才能擁有更穩固的立身之本，抵禦來自各方明槍暗箭。
此時，距下一級的順天府鄉試（庚子科）還有近一年時間。但沈驚鴻不敢有絲毫鬆懈。在督造雷霆銃、協理新軍編練的巨大壓力下，他硬是擠出時間，重新捧起了經書。
他的學習時間被切割得支離破碎。清晨早起一個時辰，誦讀經義；白天在製造局處理事務的間隙，腦中反複推敲八股文的破題承題；晚間從神機營回來，無論多晚，必定要在燈下完成徐光啟布置的時文功課，或是研讀史書策論。馬車成了他的移動書房，往返於製造局、神機營和徐府的路上，他手中多半也握著一卷書。
徐光啟看著弟子如此辛勞，既心疼又欣慰。他不再給沈驚鴻布置繁重的背誦任務，而是更注重引導他理解經義精髓，並將時政、格物之理融會貫通。他常對沈驚鴻說：“驚鴻，你如今親曆實務，於民情、於軍旅、於工造皆有切身體會，此乃閉門造車者所不及。為文當以此為基礎，發乎真情，切乎時弊，方能有血有肉，不落窠臼。”
這番教導，讓沈驚鴻受益匪淺。他寫起策論來，不再僅僅是引用聖賢之言，更能結合自己在製造局遇到的物料管理、成本核算問題，在神機營看到的軍製弊端、訓練難點，以及從遼東軍報中分析出的敵我態勢，提出具體而微的改革建議。他的文章，漸漸褪去了童生試時那份為了迎合規則而略顯刻意的“險峭”，變得更加沉穩紮實，言之有物，既有儒生的格局，又能見實務者的鋒芒。
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蘇卿卿也敏銳地察覺到他兼顧軍工與科舉的艱難。她不再僅僅送去藥茶點心，有時會將自己閱讀史書、醫書時做的精要劄記，或是父親蘇浚來信中提及的江南士林對某些時事的看法，整理成簡潔的摘要，通過可靠途徑送予沈驚鴻參考。這些信息，為他閉塞的苦讀生活打開了一扇窺探外界思潮的窗戶，也讓他感受到一份無聲的扶持與心靈的契合。
萬曆二十八年春，在沈驚鴻及製造局全體工匠的奮力拚搏下，首批兩千支雷霆銃及相應定裝彈藥，如期交付雷霆新軍。太子朱常洛與孫承宗親臨校場檢閱。
校場上，五千新軍將士手持嶄新的雷霆銃，列隊肅立。在軍官的口令下，他們演示了快速裝填、三排輪射、散兵線突擊等多種新式戰術。槍聲如爆豆般連綿不絕，硝煙彌漫中，遠處的標靶被密集的彈雨撕得粉碎，其射速與火力密度，遠超傳統軍隊。
朱常洛看得心潮澎湃，對身旁的孫承宗道：“孫先生，有此強軍，何愁遼東不平！”
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