員的府邸展開突襲。夜色中，眾人被粗暴拖出，被迫跪倒在庭院中，隻見牟斌手持朝廷駕帖，凍得發抖的官員們麵露顫栗，連呼冤屈。唯獨兵部武庫司主事王文舉頑抗，欲拔劍反擊。當場被錦衣衛格殺，並在其書房內搜出歐洲製造的燧發手槍及一摞密信。
翌日早朝，乾清宮內凝重如鐵。正德帝拋下一摞供詞，聲如冰錐：“朕的京營竟有三千人密謀造反，朕的朝堂竟有二十七人通敵賣國。你們說，明日大明江山是改姓張，還是改姓約翰？”話音落，朝堂裡無人敢仰視，百官齊跪，死一般沉寂。
內閣首輔楊廷和白發如霜，卻挺胸直背，緩緩起身陳策：“陛下，當務之急當先肅清餘孽、重整京營。臣以為將涉案三千士兵俑編散作新軍，令寒門之將統領；至於通敵通黨的二十七位官員，宜交三法司嚴審，依法從重懲處。”正德帝沉吟片刻，低聲道：“準奏。”
皇帝轉頭問牟斌：“那些洋人間諜，審得結果如何？”牟斌領命而出，向前恭言：“啟奏陛下，主犯約翰雖受刑不重，卻已招供：歐洲列強在策劃京城叛亂之外，另另在江南策劃投毒陰謀——”他頓了頓，麵色更凜，“欲於漕運糧食中下毒。”
朝堂嘩然，戶部尚書當即匍匐：“陛下！漕運事關京師百萬軍民口糧，若一旦下毒，必釀大禍！”正德帝臉色鐵青，片刻才恢複鎮定，目光如炬：“此事交楊閣老全權辦理，牟斌配合錦衣衛，可先斬後奏。朕隻要一個結果：一粒有毒糧，不許進京！”
退朝後，楊廷和與牟斌即刻會同戶部、太醫院，分赴通州、天津、滄州等漕運要衝設立糧檢所。每船抵埠，醫官先以銀針取樣檢驗，再令雞犬試食，確保無毒方可入倉。錦衣衛則暗中清剿受賄漕幫，三日內鎖定十七名內應，牢牢掌控糧道。
危機暫得化解，然牟斌心知這不過更大風暴的序幕。他在呈給陛下的密奏中寫道：“歐洲列強亡我之心不死，雖阻京城之謀，海疆北境西南多處仍告急。臣懇請陛下早作決斷，此非一城一地之患，實則國運之爭也。”
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