地之陰氣，用藥時取梢部。這是根據自然類比與形體特征來區分的。
李時珍說：草木類藥物有單獨使用某一部分的，比如羌活的根、木通的莖、款冬的花、葶藶的果實、敗醬的苗、大青的葉、大腹的皮、鬱李的核、柏木的皮、沉香的節、蘇木的肌理、胡桐的樹脂、龍腦的膏狀物等。也有同時使用多個部分的，如遠誌和小草、蜀漆和常山之類。還有全株使用的，如枸杞、甘菊等。另有一種藥物分不同部位使用的，比如當歸分頭尾、麻黃分根節、茯苓分赤白、牛膝春夏用苗而秋冬用根等。羽毛、鱗甲、玉石、水火等類藥材也往往如此，不能一概而論。
藥物配伍有七種情況：有的可單獨使用，有的需相互配合增強藥效，有的能輔助主藥發揮作用，有的會抑製毒性，有的會降低療效，有的會產生毒性反應，有的能消除毒性。調配藥物時應遵循這些規律。宜選用能協同增效或輔助主藥的配伍，避免使用會降低療效或產生毒性的組合。若需化解毒性，可采用抑製或消除毒性的搭配；若非必要，不可隨意混用。
《本草經》記載的三百六十五種藥物中：可單獨使用的有七十一種；能協同增效的有十二種；可輔助主藥的有九十種；能抑製毒性的有七十八種；會降低療效的有六十種；會產生毒性反應的有十八種；能消除毒性的有三十六種。
藥物配伍必須嚴格遵循這七種相互作用規律。
弘景說：查閱古方用藥時，發現有些藥物雖存在相惡或相反的配伍關係，卻仍被使用。例如仙方甘草丸中同用防己與細辛，民間玉石散中並施栝蔞與乾薑，服用後並未造成傷害。這或許是因為藥物間存在製約關係，好比寇恂、賈複輔佐漢室，程普、周瑜協助東吳，隻要大方向正確，個別矛盾便不足為患。但即便如此，能避免這類配伍仍更為穩妥。像半夏有毒，需配生薑，正是利用二者相畏相製的特性。
他又說：藥物相反的危害比相惡更甚。相惡如同單方麵厭惡——對方雖排斥我，我卻無怨恨之心，好比牛黃惡龍骨，但龍骨因牛黃反而功效更佳，這是因有製約之力。相反則是雙方互為仇敵，必然無法調和。就像畫家將雌黃與胡粉相鄰使用，顏色便會相互侵蝕而晦暗，足可證明此理。
李時珍說：藥物有七種配伍關係。獨行，指單方不需輔藥。相須，指同類藥物不能分離，如人參配甘草，黃柏配知母等。相使，指主藥與輔助藥的關係。相惡，指藥物削弱彼此功效。相畏，指一方受另一方製約。相反，指兩種藥物不能合用。相殺，指一方消除另一方毒性。古方中常用相惡、相反的配伍。相須、相使同用是帝道之法；相畏、相殺同用是王道之法；相惡、相反同用是霸道之法。用藥需權衡常理與變通，關鍵在於醫者的領悟運用。
藥物有酸、鹹、甘、苦、辛五種味道，又有寒、熱、溫、涼四種性質。宗奭說：凡是提到“氣”的，指的是香臭之氣。而寒、熱、溫、涼，是藥物的性質。比如白鵝脂性質寒涼，不能說它氣寒。四氣實際是指香、臭、腥、臊。例如蒜、阿魏、鮑魚、汗襪，它們的氣味是臭的；雞、魚、鴨、蛇，它們的氣味是腥的；狐狸、白馬莖、人中白，它們的氣味是臊的；沉香、檀香、龍腦、麝香，它們的氣味是香的。因此“氣”字應當改為“性”字，這樣在意義上才恰當。
李時珍說：寇宗奭認為寒、熱、溫、涼屬於藥性，香、臭、腥、臊屬於藥氣，這種說法與《禮記》的記載相符。但自從《素問》以來，醫家隻用藥物的氣味來論述，一時難以改變，所以暫且沿襲舊說。
王好古說：藥味有五種，藥氣有四種。五種藥味中各自包含四種藥性。例如辛味藥物中，有石膏的寒性，肉桂、附子的熱性，半夏的溫性，薄荷的涼性。藥氣屬天，藥味屬地。溫性、熱性屬於天的陽氣，寒性、涼性屬於天的陰氣；辛味、甘味屬於地的陽氣，鹹味、苦味屬於地的陰氣。本草著作中論五味不提淡味，論四氣不提涼性；隻說溫、大溫、熱、大熱、寒、大寒、微寒、平、小毒、大毒、有毒、無毒，這是為何？因為淡味依附於甘味，微寒就是涼性。
藥物有有毒和無毒之分。
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