《神農本經》名例
上品一百二十種為君藥，主要功效是滋養生命、順應天道，性質無毒，長期服用也不會傷害身體。想要身體輕盈、補益元氣、延年益壽的人，應以《上經》為本。
中品一百二十種為臣藥，主要功效是調養性情、順應人事，藥性或有毒或無毒，需根據情況斟酌使用。想要抑製疾病、補益虛弱的人，應以《中經》為本。
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下品一百二十五種為佐使藥，主要功效是治療疾病、順應地理，多數有毒，不可長期服用。想要驅除寒熱邪氣、消散積聚、治愈疾病的人，應以《下經》為本。
三品藥物共計三百六十五種，對應一年三百六十五天，每日對應一種藥物，以合天時之數。若將藥名重複計算，則共有七百三十種。
陶弘景說：現在考察上品藥物的性質，雖然也能治病，但藥力溫和深厚，不會立刻見效。長期服用，必定獲得極大益處。疾病痊愈後，壽命也能延長，天道仁慈化育萬物，因此稱為順應天時。這一百二十種藥物，應當對應寅、卯、辰、巳這四個月份，效法萬物生長繁茂的時節。中品藥物的性質，治療疾病的功效逐漸增強，延年益壽的作用稍弱，祛除病患較快，延長壽命較慢。人體各有不同稟性，因此稱為順應人事。這一百二十種藥物，應當對應午、未、申、酉這四個月份，效法萬物成熟結果的時節。下品藥物的性質，專門用於攻治病邪，毒性猛烈，會破壞人體中和之氣，不可長期服用，病愈即停。大地具有肅殺收斂的特性，因此稱為順應地氣。這一百二十五種藥物，應當對應戌、亥、子、醜這四個月份，效法萬物枯萎潛藏的時節，同時用閏月的餘數來補足。至於單獨使用或配伍應用，應當根據患者的病情，靈活參考施行，不必拘泥於某一種方法。
掌禹錫說：陶弘景的《本草經集注》體例是，神農《本經》的內容用紅字書寫，《名醫別錄》的內容用黑字書寫。《本經》記載的藥物隻有三百六十五種，現在這裡說數量翻倍共計七百三十種名稱，是合並了《別錄》的副品藥物而言。那麼這一節文字實際屬於《別錄》的內容，因傳抄年代久遠，導致文字錯亂混雜。這使得後世摘錄此類內容時，誤認為不是神農原著的文字，大抵都是這個緣故造成的。
李時珍說：《神農本草經》將藥物分為上、中、下三品。陶弘景的《名醫別錄》增加了藥物數量，開始按部類劃分。唐代、宋代醫家大量增補內容，偶爾也刪除一些。雖然用朱墨兩色區分，保留了三品名稱，但實際上已經混亂。有的藥物被拆成多條，有的兩種藥物混為一處；有的木本歸入草部，有的昆蟲劃入木部；水土混雜，蟲魚不分；像淄水澠水般難以辨別，似玉石與美玉般無法區分；名稱難以查考，實物更難尋覓。如今綜合古今各家藥物，分為十六部。該分的分，該合的合，該移的移，該增的增。不再區分三品，隻按部類排列，物以類聚，綱舉目張。每種藥標明總稱，是正大綱；用大字書寫氣味主治，是正小綱；分注釋名、集解、發明，詳述條目；辨疑、正誤、附錄附後，完善體例；單方附在末尾，詳述用途。大綱下注明本草及三品來源，以溯本源；小綱下標注各家名稱，以證其實；分注寫明作者，既保留古今出處，又明晰各家觀點。雖似打亂舊製，卻使脈絡更加清晰。並非僭越古法，隻為便於查考。
藥物配伍有君、臣、佐、使的區分，用以相互配合製約。組合時適宜采用一君、二臣、三佐、五使的比例，也可采用一君、三臣、九佐使的配比。
陶弘景說：使用藥物就像建立人事製度一樣，如果君主過多而臣子過少，或臣子過多而輔佐過少，藥效就無法周全。然而查閱仙家經典和民間各類方劑，也並非全都如此。大體而言，滋補生命的藥物多作君藥，調養心性的藥物多作臣藥，治療疾病的藥物多作佐藥，這需依據藥物本性的主次，再加以權衡調整。上品君藥中，還分貴賤等級；臣藥佐藥之中，同樣如此。因此天門冬與遠誌雖同屬君藥卻分高下，甘草被尊為國老，大黃被稱作將軍，正是為了表明它們功效的優劣，等級各不相同。
岐伯說：方劑中劃分君臣藥的原則是，主治疾病的藥物稱為君藥，輔助君藥的稱為臣藥，配合臣藥的稱為使藥，並非指上、中、下三品藥材的等級。這是為了闡明藥物功效的主次差異。
。藥君為作應的強最效藥為認法說有也。等相量用藥味各則，同相治主物藥味多若，時症病對針。少更藥佐，之次藥臣，多最常通量用藥君中劑方：說素元張
。用運活靈況情體具視應，法說的藥君為列藥品上將中經草本。鍵關的方組是這，療治合配藥使佐用則，狀症他其隨伴若。藥君為連黃以證熱焦中療治，藥君為芩黃以證熱焦上療治，藥君為己防以證濕療治，藥君為子附以證寒療治，藥君為風防以證風療治如例，藥君為物藥的症病治主。氣藥整調節季據根需，味藥於決取效功的下瀉或益補。心核為味氣以都，用使的物藥：說杲李
。聯關互相般弟兄子母同如，係關伍配的性屬陽陰有物藥
。此如是就類之子為樸厚，母為皮榆如比，係關的弟兄母子。推類律規個這照按以可都餘其。臟腎應對而黑色顏，水征象石磁；臟脾應對而黃色顏，土征象黃雌；臟肺應對而白色顏，金征象母雲；臟心應對而赤色顏，火征象砂丹；臟肝應對而青色顏，木征象青空以所。陽於屬而陰於生都物生的類殼介甲鱗；陰於屬而陽於生都物生的類毛羽，此因。律規的應相循遵且並，別類和色顏的同不有自各，別分的小大、陽陰有都物萬地天：說升保韓
。肉、骨、皮、苗，實果、花、莖、根
屬身半下；分部乾主用症病焦中；部頭取時藥用，氣陽之天屬身半上體人。降沉能梢，發升能根為因，部梢用，症病的焦下療治；部根用，症病的焦上和焦中療治。梢為分部的中土入深以，處之行下脈氣是下以分部半下；根為分部的苗出生以，處之行上脈氣是上以分部半上，部根的裡土在長生中物藥
