永曆九年五月初四，黎明。當第一縷曙光刺破南京城上空的硝煙時，這座千年古都正在經曆著自弘光元年陷落以來最劇烈、也是最徹底的蛻變。儀鳳門的失守，如同在堅固的堤壩上炸開了一個巨大的缺口，永曆南征軍的洪流，正沿著這個缺口，洶湧澎湃地灌入城內，席卷一切。
巷戰在城市的每一個角落激烈進行。清軍雖然敗局已定，但殘餘的滿洲兵和部分死硬分子，依舊依托街壘、房屋進行著絕望的頑抗。尤其是退守皇城（明故宮）的哈哈木、管效忠等人，將這裡當成了最後的堡壘。然而，更多的漢軍綠營兵和普通士卒，在永曆軍“隻懲首惡，脅從不問”的政治攻勢和絕對優勢的軍事壓力下，或成建製地放下武器投降，或潰散逃亡。抵抗的強度，隨著太陽的升高而迅速減弱。
李元胤入城後，立即在靠近儀鳳門的一處高地上設立了前線指揮部，指揮各軍分區清剿殘敵，重點是儘快拿下皇城。他命令焦璉、周諶等部，采取“分割包圍，重點打擊”的戰術，逐步壓縮清軍的生存空間。對於負隅頑抗的皇城，則調集重炮，猛轟宮門，並組織精銳部隊，準備發起最後的總攻。
與此同時，隨軍的靖安司人員和部分隨軍文官，也開始迅速行動。他們張貼安民告示，宣布王師克複南京，永曆監國不日將至；組織人手撲滅因戰火引發的街市火災；搜捕趁亂打劫的地痞流氓；更重要的是，尋找並保護城中的前明宗室、遺臣和重要的文化設施（如國子監、史館等）。
城中百姓，從最初的極度恐懼，逐漸轉變為巨大的驚喜和難以置信的狂喜。他們躲在家中，透過門縫、窗欞，看著身穿赤色號衣的永曆軍士卒紀律嚴明地沿街推進，聽著那久違的、帶著廣西口音的“驅除韃虜，恢複中華”的口號聲，許多人淚流滿麵，跪地叩拜。十年了，整整十年！他們終於再次看到了王師的旗幟！
午後，皇城的戰鬥進入白熱化。永曆軍的紅衣大炮將午門轟開了一個巨大的缺口，“虎捷營”的勇士們冒著箭雨，蜂擁而入，與退守奉天殿的哈哈木親兵展開了最後的白刃格鬥。哈哈木自知不敵，揮刀自刎。管效忠試圖化裝逃跑，被士兵識破擒獲。江南總督馬國柱則在亂軍中被殺。至日落時分，皇城內的抵抗基本停止。
五月初五，端陽佳節。南京全城的戰火已基本平息。李元胤下令各軍嚴守崗位，清理戰場，統計戰果，並派出快馬，向尚在江北儀真大營的永曆監國朱常沅報捷。
五月初十，朱常沅禦駕在周瑞水師的護衛下，自儀真渡江，抵達南京城外。李元胤、沐涵率領文武官員及南京城內耆老代表，出城十裡，跪迎聖駕。
當朱常沅的車駕緩緩駛入破損但已初步清理的聚寶門（中華門）時，整個南京城沸騰了！街道兩旁，人山人海，百姓簞食壺漿，焚香跪拜，哭聲、歡呼聲、萬歲聲震天動地！“日月重開，大明萬歲！”的呼喊響徹雲霄。許多白發蒼蒼的前明遺老，穿著珍藏多年的舊朝衣冠，老淚縱橫，顫巍巍地跪在道旁，迎接他們苦苦等待了十年的君王。
朱常沅端坐於禦輦之上，望著眼前這座熟悉的、卻又滿目瘡痍的帝都，望著道路兩旁那些激動得近乎瘋狂的百姓，眼眶也不禁濕潤了。十年顛沛，十年浴血，多少忠魂埋骨他鄉，今日，他終於回來了！雖然北京仍在虜手，中原尚未恢複，但收複南京，意味著大明法統的回歸，意味著抗清大業取得了決定性的轉折！
禦駕直入皇城。儘管宮殿多有損毀，但奉天殿的輪廓依舊。朱常沅在文武百官和軍民的簇擁下，站在殿前丹陛，沐浴在金色的夕陽餘暉中。他麵向北方，撩起衣袍，鄭重跪拜，祭告天地祖宗。
隨後，他轉身，麵向萬民，聲音洪亮而莊嚴地宣告：
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”！果之力戮心同，子赤夏華萬億，士之義忠下天乃，功之人一孤非此！家邦造再，陵金複克今，心歸姓百，命用士將，靈之宗祖地天賴！茲於載十，虐肆騎虜，沉陸州神，難國申甲自“
”！知聞使鹹，下天告詔！在行為仍，府天應為京南改，起日即自“
”！年三免概，稅捐姓百！恤撫加優，者亡陣！賞行功論，士將有所“
”！興中複光，京舊複克，虜韃除驅，體一民軍，德同心同，工臣等爾望“
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